Cython与C函数的结合

转载 作者：撒哈拉 更新时间：2024-07-25 17:11:49 59 4

// array_sum.c
double reduce_sum(int arr_len, double* arr){
    double s=0.0;
    int i;
    for (i=0; i<arr_len; i++){
        s = s + *arr;
        arr++;
    }
    return s;
}

# test_pointer.pyx
import numpy as np
cimport numpy as np

cdef extern from "array_sum.c":
    double reduce_sum(int arr_len, double* arr)

cpdef rsum(int arr_len, np.ndarray[np.float64_t, ndim=2, mode="c"] arr):
    cdef:
        double* arr_ptr = <double *>arr.data
        double res = 0.0
    res = reduce_sum(arr_len, arr_ptr)
    return res

$ cythonize -i test_pointer.pyx

$ ll | grep test_pointer  
-rw-r--r-- 1 root root  374450 Jul 25 14:52 test_pointer.c
-rwxr-xr-x 1 root root  234848 Jul 25 14:52 test_pointer.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so*
-rw-r--r-- 1 root root     347 Jul 25 15:02 test_pointer.pyx

In [1]: import numpy as np

In [2]: from test_pointer import rsum

In [3]: num=10000

In [4]: x=np.random.random((num,num))

In [5]: x.shape
Out[5]: (10000, 10000)

In [6]: %timeit s=np.sum(x)
38.3 ms ± 254 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)

In [7]: %timeit rs=rsum(num*num,x)
51.7 ms ± 302 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)

In [15]: np.sum(x)
Out[15]: 50003980.32921535

In [17]: rsum(num*num, x)
Out[17]: 50003980.32921728

59 4 0

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