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CFSDN坚持开源创造价值，我们致力于搭建一个资源共享平台，让每一个IT人在这里找到属于你的精彩世界.
这篇CFSDN的博客文章perl 读取所需文件的路径，然后打开相应的文件由作者收集整理，如果你对这篇文章有兴趣，记得点赞哟.
以下是DNA序列，存储在window下F：\perl\data.txt里面:
。
下面是程序:
#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的 。
。
#首先定义四种碱基的数量为0 $count_A=0; $count_T=0; $count_C=0; $count_G=0; #首先要先把序列进行合并成一行 。
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写 #f:\\perl\\data.txt print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n"; chomp($dna_filename=<STDIN>); #打开文件 open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!"); #将文件赋予一个数组 @DNA=<DNAFILENAME>,
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符 $DNA=join('',@DNA); $DNA=~s/\s//g,
#将DNA分解成，然后赋值到数组 @DNA=split('',$DNA),
#然后依次读取数组的元素，并对四种碱基的数量进行统计 foreach $base(@DNA) { if ($base eq 'A') { $count_A=$count_A+1; } elsif ($base eq 'T') { $count_T=$count_T+1; } elsif ($base eq 'C') { $count_C=$count_C+1; } elsif ($base eq 'G') { $count_G=$count_G+1; } else { print "error\n" } } #输出最后的结果 print "A=$count_A\n"; print "T=$count_T\n"; print "C=$count_C\n"; print "G=$count_G\n",
下面是运行的结果:
F:\>perl\a.pl please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt f:\\perl\\data.txt error A=40 T=17 C=27 G=24 。
。
F:\> 。
大家可能观察到有一个error的出现，这是为什么呢?
。
大家仔细看一看最上面的原始 DNA序列，用特殊颜色标记的，可以看到有一个V，所以会输出错误.
这里把DNA序列经过整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通过split函数变成了数组，然后进行统计，那有没有更好的办法呢?
其实perl里有一个函数，substr.
我们先来看一看这个函数的用法，substr是针对一个大字符串的操作符（The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是对一个很长的字符串，进行片段化处理，取其中的一部分。我们这里用到的就是这个特性.
$little_string =substr($large_string,$start_position,$length) 。
$小片段=substr（$大片段，$你要截取的小片段的起始位置，$你要截取的长度） 。
我们这里为了统计DNA中各种碱基的数量，所以要处理的字符串是一个碱基，所以我们要把$length设置为1。这样才能够满足我们的需求.
下面我们把修改过的代码写下:
#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的 。
。
#首先定义四种碱基的数量为0 $count_A=0; $count_T=0; $count_C=0; $count_G=0; #首先要先把序列进行合并成一行 。
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写 #f:\\perl\\data.txt print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n"; chomp($dna_filename=<STDIN>); #打开文件 open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!"); #将文件赋予一个数组 @DNA=<DNAFILENAME>,
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符 $DNA=join('',@DNA); $DNA=~s/\s//g,
#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计 for ($position=0;$position<length $DNA;++$position) { $base=substr($DNA,$position,1); if ($base eq 'A') { $count_A=$count_A+1; } elsif ($base eq 'T') { $count_T=$count_T+1; } elsif ($base eq 'C') { $count_C=$count_C+1; } elsif ($base eq 'G') { $count_G=$count_G+1; } else { print "error\n" } } #输出最后的结果 print "A=$count_A\n"; print "T=$count_T\n"; print "C=$count_C\n"; print "G=$count_G\n",
。
得到的结果如下:
F:\>perl\a.pl please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt f:\\perl\\data.txt error A=40 T=17 C=27 G=24 。
。
F:\> 。
。
最后此篇关于perl 读取所需文件的路径，然后打开相应的文件的文章就讲到这里了,如果你想了解更多关于perl 读取所需文件的路径，然后打开相应的文件的内容请搜索CFSDN的文章或继续浏览相关文章，希望大家以后支持我的博客！ 。
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