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python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法

转载作者：qq735679552 更新时间：2022-09-28 22:32:09

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目标：利用python读取dicom文件，并进行处理生成info.txt和raw文件。

实现：通过pydicom读取dicom文件。

代码:

 
    ? 
   
         import 
         numpy 
        
         import 
         pydicom 
        
         import 
         os 
        
         # dicom文件所在的文件夹目录 
        
         PathDicom  
         = 
         '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/' 
        
         # 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件 
        
         lstFilesDCM  
         = 
         [] 
        
         for 
         dirName, subdirList, fileList  
         in 
         os.walk(PathDicom): 
        
         for 
         filename  
         in 
         fileList: 
        
         if 
         '.dcm' 
         in 
         filename.lower(): 
        
         lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename)) 
        
         # Get ref file 
        
         RefDs  
         = 
         pydicom.read_file(lstFilesDCM[ 
         0 
         ]) 
        
         # Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis) 
        
         ConstPixelDims  
         = 
         ( 
         int 
         (RefDs.Rows),  
         int 
         (RefDs.Columns),  
         len 
         (lstFilesDCM)) 
        
         # Load spacing values (in mm) 
        
         ConstPixelSpacing  
         = 
         ( 
         float 
         (RefDs.PixelSpacing[ 
         0 
         ]),  
         float 
         (RefDs.PixelSpacing[ 
         1 
         ]),  
         float 
         (RefDs.SliceThickness)) 
        
         # save info.txt 
        
         info  
         = 
         ConstPixelDims  
         + 
         ConstPixelSpacing 
        
         f  
         = 
         open 
         ( 
         '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt' 
         ,  
         'w' 
         ) 
        
         for 
         n  
         in 
         info: 
        
         f.write( 
         str 
         (n) 
         + 
         ' ' 
         ) 
        
         f.close() 
        
         # According to location sorting 
        
         location  
         = 
         [] 
        
         for 
         i  
         in 
         range 
         ( 
         len 
         (lstFilesDCM)): 
        
         ds  
         = 
         pydicom.read_file(lstFilesDCM[i]) 
        
         location.append(ds.SliceLocation) 
        
         location.sort() 
        
         # The array is sized based on 'ConstPixelDims' 
        
         ArrayDicom  
         = 
         numpy.zeros(( 
         len 
         (lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype 
         = 
         RefDs.pixel_array.dtype) 
        
         # loop through all the DICOM files 
        
         for 
         filenameDCM  
         in 
         lstFilesDCM: 
        
         # read the file 
        
         ds  
         = 
         pydicom.read_file(filenameDCM) 
        
         # store the raw image data 
        
         ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :]  
         = 
         ds.pixel_array 
        
         # save raw 
        
         ds  
         = 
         ArrayDicom.tostring() 
        
         f  
         = 
         open 
         ( 
         '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw' 
         ,  
         'wb' 
         ) 
        
         f.write(ds) 
        
         f.close()

代码编写过程遇到的问题及解决方法:

Problem one: pydicom版本问题.

pydicom1.x中读取dicom文件调用pydicom.read_file(filename),

pydicom0.9中读取dicom文件调用dicom.read_file(filename),

Problem two:python中IO操作。

(1) f = open(filename, mode) 。

其中filename为文件的路径， mode为操作标识符：‘r' 表示读， ‘w'表示写，‘a'表示既可读又可写，‘b'表示二进制文件.

(2) f.write(value) 。

其中参数value必须是字符串类型的.

当然还有一些其他的问题，在这里就不细说了，多入坑才能学的多，切不可烦躁，代码就是要多敲才能得心应手，共勉.

以上这篇python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持我.

原文链接：https://blog.csdn.net/likanglearning/article/details/79475404 。

最后此篇关于python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法的文章就讲到这里了,如果你想了解更多关于python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法的内容请搜索CFSDN的文章或继续浏览相关文章，希望大家以后支持我的博客！。

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