uk.ac.ebi.intact.model.util.XrefUtils.createIdentityXref()方法的使用及代码示例-6ren

uk.ac.ebi.intact.model.util.XrefUtils.createIdentityXref()方法的使用及代码示例

转载作者：知者更新时间：2024-03-22 23:07:05

本文整理了Java中uk.ac.ebi.intact.model.util.XrefUtils.createIdentityXref()方法的一些代码示例，展示了XrefUtils.createIdentityXref()的具体用法。这些代码示例主要来源于Github/Stackoverflow/Maven等平台，是从一些精选项目中提取出来的代码，具有较强的参考意义，能在一定程度帮忙到你。XrefUtils.createIdentityXref()方法的具体详情如下：
包路径：uk.ac.ebi.intact.model.util.XrefUtils
类名称：XrefUtils
方法名：createIdentityXref

XrefUtils.createIdentityXref介绍

暂无

代码示例

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact/intact-core

public <X extends Xref> X createIdentityXref(AnnotatedObject<X,?> parent, String primaryId, CvDatabase cvDatabase) {
  return XrefUtils.createIdentityXref(parent, primaryId, getIdentityQualifier(), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public <X extends Xref> X createIdentityXref(AnnotatedObject<X,?> parent, String primaryId, CvDatabase cvDatabase) {
  return XrefUtils.createIdentityXref(parent, primaryId, getIdentityQualifier(), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public <X extends Xref> X createIdentityXref(AnnotatedObject<X,?> parent, String primaryId, CvDatabase cvDatabase) {
  return XrefUtils.createIdentityXref(parent, primaryId, getIdentityQualifier(), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXref(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId, CvDatabase cvDatabase) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXref(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId, CvDatabase cvDatabase) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefEmblGenbankDdbj(AnnotatedObject<X, ?> parent, String emblGenbankDdbjId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(),
      CvDatabase.class,
      CvDatabase.DDBG_MI_REF,
      CvDatabase.DDBG);
  return createIdentityXref(parent, emblGenbankDdbjId,
      builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()),
      cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefUniprot(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.UNIPROT_MI_REF, CvDatabase.UNIPROT);
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefUniprot(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.UNIPROT_MI_REF, CvDatabase.UNIPROT);
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefUniprot(AnnotatedObject<X,?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.UNIPROT_MI_REF, CvDatabase.UNIPROT);
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefIntact(AnnotatedObject<X, ?> parent, String intactId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.INTACT_MI_REF, CvDatabase.INTACT);
  return createIdentityXref(parent, intactId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.dataexchange.psimi/intact-psixml-converters

protected InteractorXref createImexXref(Interaction interaction, String imexId) {
  CvDatabase cvImex = CvObjectUtils.createCvObject(interaction.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.IMEX_MI_REF, CvDatabase.IMEX);
  cvImex.setFullName(CvDatabase.IMEX);
  CvXrefQualifier imexPrimary = CvObjectUtils.createCvObject(interaction.getOwner(), CvXrefQualifier.class, CvXrefQualifier.IMEX_PRIMARY_MI_REF, CvXrefQualifier.IMEX_PRIMARY);
  return XrefUtils.createIdentityXref(interaction, imexId, imexPrimary, cvImex);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefEmblGenbankDdbj(AnnotatedObject<X, ?> parent, String emblGenbankDdbjId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(),
      CvDatabase.class,
      CvDatabase.DDBG_MI_REF,
      CvDatabase.DDBG);
  return createIdentityXref(parent, emblGenbankDdbjId,
      builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()),
      cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefPsiMi(AnnotatedObject<X,?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), builder.createPsiMiCvDatabase(parent.getOwner()));
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefPsiMi(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), builder.createPsiMiCvDatabase(parent.getOwner()));
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefIntact(AnnotatedObject<X, ?> parent, String intactId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.INTACT_MI_REF, CvDatabase.INTACT);
  return createIdentityXref(parent, intactId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefChebi(AnnotatedObject<X, ?> parent, String chebiId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.CHEBI_MI_REF, CvDatabase.CHEBI);
  return createIdentityXref(parent, chebiId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefChebi(AnnotatedObject<X, ?> parent, String chebiId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  CvDatabase cvDatabase = CvObjectUtils.createCvObject(parent.getOwner(), CvDatabase.class, CvDatabase.CHEBI_MI_REF, CvDatabase.CHEBI);
  return createIdentityXref(parent, chebiId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), cvDatabase);
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.core/intact-core-readonly

public static <X extends Xref> X createIdentityXrefPsiMi(AnnotatedObject<X, ?> parent, String primaryId) {
  CvObjectBuilder builder = new CvObjectBuilder();
  return createIdentityXref(parent, primaryId, builder.createIdentityCvXrefQualifier(parent.getOwner()), builder.createPsiMiCvDatabase(parent.getOwner()));
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.dbupdate/intact-cv-update

public static CvObjectXref createIdentityXref(CvDagObject term, String database, String identifier) {
  DaoFactory factory = IntactContext.getCurrentInstance().getDaoFactory();
  CvObjectXref cvXref;
  CvXrefQualifier identity = factory.getCvObjectDao(CvXrefQualifier.class).getByPsiMiRef(CvXrefQualifier.IDENTITY_MI_REF);
  CvDatabase db = factory.getCvObjectDao(CvDatabase.class).getByPsiMiRef(database);
  if (identity == null){
    identity = CvObjectUtils.createCvObject(IntactContext.getCurrentInstance().getInstitution(), CvXrefQualifier.class, CvXrefQualifier.IDENTITY_MI_REF, CvXrefQualifier.IDENTITY);
    IntactContext.getCurrentInstance().getCorePersister().saveOrUpdate(identity);
  }
  if (db == null){
    db = CvObjectUtils.createCvObject(IntactContext.getCurrentInstance().getInstitution(), CvDatabase.class, database, database);
    IntactContext.getCurrentInstance().getCorePersister().saveOrUpdate(db);
  }
  // create identity xref
  cvXref = XrefUtils.createIdentityXref(term, identifier, identity, db);
  term.addXref(cvXref);
  return cvXref;
}

代码示例来源：origin: uk.ac.ebi.intact.dbupdate/intact-cv-update

public static CvObjectXref createSecondaryXref(CvDagObject term, String database, String identifier) {
  DaoFactory factory = IntactContext.getCurrentInstance().getDaoFactory();
  CvObjectXref cvXref;
  CvXrefQualifier secondary = factory.getCvObjectDao(CvXrefQualifier.class).getByPsiMiRef(CvXrefQualifier.SECONDARY_AC_MI_REF);
  CvDatabase db = factory.getCvObjectDao(CvDatabase.class).getByPsiMiRef(database);
  if (secondary == null){
    secondary = CvObjectUtils.createCvObject(IntactContext.getCurrentInstance().getInstitution(), CvXrefQualifier.class, CvXrefQualifier.SECONDARY_AC_MI_REF, CvXrefQualifier.SECONDARY_AC);
    IntactContext.getCurrentInstance().getCorePersister().saveOrUpdate(secondary);
  }
  if (db == null){
    db = CvObjectUtils.createCvObject(IntactContext.getCurrentInstance().getInstitution(), CvDatabase.class, database, database);
    IntactContext.getCurrentInstance().getCorePersister().saveOrUpdate(db);
  }
  // create identity xref
  cvXref = XrefUtils.createIdentityXref(term, identifier, secondary, db);
  term.addXref(cvXref);
  return cvXref;
}

Ruby 方法() 方法
我想了解 Ruby 方法 methods() 是如何工作的。我尝试使用“ruby 方法”在 Google 上搜索，但这不是我需要的。我也看过 ruby-doc.org，但我没有找到这种方法。
VBS教程：方法-Test 方法
Test 方法对指定的字符串执行一个正则表达式搜索，并返回一个 Boolean 值指示是否找到匹配的模式。 object.Test(string) 参数 object 必选项。总是一个
VBS教程：方法-Replace 方法
Replace 方法替换在正则表达式查找中找到的文本。 object.Replace(string1, string2) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。
VBS教程：方法-Raise 方法
Raise 方法生成运行时错误 object.Raise(number, source, description, helpfile, helpcontext) 参数 object 应为
VBS教程：方法-Execute 方法
Execute 方法对指定的字符串执行正则表达式搜索。 object.Execute(string) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。 string
VBS教程：方法-Clear 方法
Clear 方法清除 Err 对象的所有属性设置。 object.Clear object 应为 Err 对象的名称。说明在错误处理后，使用 Clear 显式地清除 Err 对象。此
VBS教程：方法-CopyFile 方法
CopyFile 方法将一个或多个文件从某位置复制到另一位置。 object.CopyFile source, destination[, overwrite] 参数 object 必选
VBS教程：方法-Copy 方法
Copy 方法将指定的文件或文件夹从某位置复制到另一位置。 object.Copy destination[, overwrite] 参数 object 必选项。应为 File 或 F
VBS教程：方法-Close 方法
Close 方法关闭打开的 TextStream 文件。 object.Close object 应为 TextStream 对象的名称。说明下面例子举例说明如何使用 Close 方
VBS教程：方法-BuildPath 方法
BuildPath 方法向现有路径后添加名称。 object.BuildPath(path, name) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject 对象的名称
VBS教程：方法-GetFolder 方法
GetFolder 方法返回与指定的路径中某文件夹相应的 Folder 对象。 object.GetFolder(folderspec) 参数 object 必选项。应为 FileSy
VBS教程：方法-GetFileName 方法
GetFileName 方法返回指定路径（不是指定驱动器路径部分）的最后一个文件或文件夹。 object.GetFileName(pathspec) 参数 object 必选项。应为
VBS教程：方法-GetFile 方法
GetFile 方法返回与指定路径中某文件相应的 File 对象。 object.GetFile(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject
VBS教程：方法-GetExtensionName 方法
GetExtensionName 方法返回字符串，该字符串包含路径最后一个组成部分的扩展名。 object.GetExtensionName(path) 参数 object 必选项。应
VBS教程：方法-GetDriveName 方法
GetDriveName 方法返回包含指定路径中驱动器名的字符串。 object.GetDriveName(path) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObjec
VBS教程：方法-GetDrive 方法
GetDrive 方法返回与指定的路径中驱动器相对应的 Drive 对象。 object.GetDrive drivespec 参数 object 必选项。应为 FileSystemO
VBS教程：方法-GetBaseName 方法
GetBaseName 方法返回字符串，其中包含文件的基本名 (不带扩展名), 或者提供的路径说明中的文件夹。 object.GetBaseName(path) 参数 object 必
VBS教程：方法-GetAbsolutePathName 方法
GetAbsolutePathName 方法从提供的指定路径中返回完整且含义明确的路径。 object.GetAbsolutePathName(pathspec) 参数 object
VBS教程：方法-FolderExists 方法
FolderExists 方法如果指定的文件夹存在，则返回 True；否则返回 False。 object.FolderExists(folderspec) 参数 object 必选项
VBS教程：方法-FileExists 方法
FileExists 方法如果指定的文件存在返回 True；否则返回 False。 object.FileExists(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileS

知者

个人简介

我是一名优秀的程序员,十分优秀！

作者热门文章

滴滴打车优惠券免费领取

全站热门文章

首页

博学

6Ren·AI

商城

uk.ac.ebi.intact.model.util.XrefUtils.createIdentityXref()方法的使用及代码示例

XrefUtils.createIdentityXref介绍

代码示例