org.broad.igv.bbfile.ZoomLevelIterator.getHitList()方法的使用及代码示例

转载 作者：知者 更新时间：2024-03-16 09:15:31 26 4

private int getHitRegion(RPChromosomeRegion hitRegion, boolean contained) {
  int hitCount = 0;
  // check if new hit list is needed
  // Note: getHitList will reset mLeafItemIndex to 0, the beginning of new hit list
  if (leafHitList == null) {   //|| mLeafItemIndex >= mLeafHitList.size()){
    hitCount = getHitList(hitRegion, contained);
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // no hit data found
  } else {
    hitCount = leafHitList.size() - leafItemIndex;
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // hit list exhausted
  }
  // Perform a block read for starting base of selection region - use first leaf hit
  dataBlockRead = getDataBlock(leafItemIndex++);
  // try next item - probably intersection issue
  // Note: recursive call until a block is valid or hit list exhuasted
  if (!dataBlockRead)
    hitCount = getHitRegion(hitRegion, contained);
  return hitCount;
}

private int getHitRegion(RPChromosomeRegion hitRegion, boolean contained) {
  int hitCount = 0;
  // check if new hit list is needed
  // Note: getHitList will reset mLeafItemIndex to 0, the beginning of new hit list
  if (leafHitList == null) {   //|| mLeafItemIndex >= mLeafHitList.size()){
    hitCount = getHitList(hitRegion, contained);
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // no hit data found
  } else {
    hitCount = leafHitList.size() - leafItemIndex;
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // hit list exhausted
  }
  // Perform a block read for starting base of selection region - use first leaf hit
  dataBlockRead = getDataBlock(leafItemIndex++);
  // try next item - probably intersection issue
  // Note: recursive call until a block is valid or hit list exhuasted
  if (!dataBlockRead)
    hitCount = getHitRegion(hitRegion, contained);
  return hitCount;
}

private int getHitRegion(RPChromosomeRegion hitRegion, boolean contained) {
  int hitCount = 0;
  // check if new hit list is needed
  // Note: getHitList will reset mLeafItemIndex to 0, the beginning of new hit list
  if (leafHitList == null) {   //|| mLeafItemIndex >= mLeafHitList.size()){
    hitCount = getHitList(hitRegion, contained);
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // no hit data found
  } else {
    hitCount = leafHitList.size() - leafItemIndex;
    if (hitCount == 0)
      return 0;   // hit list exhausted
  }
  // Perform a block read for starting base of selection region - use first leaf hit
  dataBlockRead = getDataBlock(leafItemIndex++);
  // try next item - probably intersection issue
  // Note: recursive call until a block is valid or hit list exhuasted
  if (!dataBlockRead)
    hitCount = getHitRegion(hitRegion, contained);
  return hitCount;
}

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