org.broad.igv.bbfile.ZoomLevelIterator.hasNext()方法的使用及代码示例

转载 作者：知者 更新时间：2024-03-16 10:29:31 26 4

lowestResHeader.getZoomLevel(), firstChr, 0, lastChr, Integer.MAX_VALUE, false);
while (zlIter.hasNext()) {
  ZoomDataRecord rec = zlIter.next();

protected List<LocusScore> getZoomSummaryScores(String chr, int start, int end, int zoom) {
  Chromosome c = genome.getChromosome(chr);
  if (c == null) return null;
  double nBins = Math.pow(2, zoom);
  double scale = c.getLength() / (nBins * 700);
  BBZoomLevelHeader zlHeader = getZoomLevelForScale(scale);
  if (zlHeader == null) return null;
  int bbLevel = zlHeader.getZoomLevel();
  int reductionLevel = zlHeader.getReductionLevel();
  // If we are at the highest precomputed resolution compare to the requested resolution.  If they differ
  // by more than a factor of 2 compute "on the fly"
  String tmp = chrNameMap.get(chr);
  String querySeq = tmp == null ? chr : tmp;
  if (reader.isBigBedFile() || bbLevel > 1 || (bbLevel == 1 && (reductionLevel / scale) < 2)) {
    ArrayList<LocusScore> scores = new ArrayList(1000);
    ZoomLevelIterator zlIter = reader.getZoomLevelIterator(bbLevel, querySeq, start, querySeq, end, false);
    while (zlIter.hasNext()) {
      ZoomDataRecord rec = zlIter.next();
      float v = getValue(rec);
      BasicScore bs = new BasicScore(rec.getChromStart(), rec.getChromEnd(), v);
      scores.add(bs);
    }
    return scores;
  } else {
    // No precomputed scores for this resolution level
    return null;
  }
}

if (zlIter.hasNext()) {
  while (zlIter.hasNext()) {
    ZoomDataRecord rec = zlIter.next();
    values[nValues++] = (rec.getMeanVal());

ZoomDataRecord wItem;
int length, chunkStart, chunkEnd;
while (zoomIterator.hasNext()) {
  wItem = zoomIterator.next();
  chunkStart = (Math.max(region.getStart(), wItem.getChromStart()) - region.getStart()) / windowSize;

@Test
public void testBigBed() throws IOException {
  String path = TestUtils.DATA_DIR + "bb/chr21.refseq.bb";
  BBFileReader bbReader = new BBFileReader(path);
  BBFileHeader bbFileHdr = bbReader.getBBFileHeader();
  assertTrue(bbFileHdr.isBigBed());
  String chr = "chr21";
  int start = 26490012;
  int end = 42182827;
  for (BBZoomLevelHeader header : bbReader.getZoomLevels().getZoomLevelHeaders()) {
    assertNotNull(header);
    ZoomLevelIterator zlIter = bbReader.getZoomLevelIterator(header.getZoomLevel(), chr, start, chr, end, false);
    while (zlIter.hasNext()) {
      ZoomDataRecord rec = zlIter.next();
      int n = rec.getBasesCovered();
      if (n > 0) {
        assertEquals(chr, rec.getChromName());
        assertTrue(rec.getChromEnd() >= start && rec.getChromStart() <= end);
      }
    }
  }
}

26 4 0

• schema.org - Schema.org、Goodrelations-vocabulary.org 和 Productontology.org 之间有什么关系？

  Schema.org、Goodrelations-vocabulary.org 和 Productontology.org 之间有什么关系？ Schema.org 告知，“W3C schema.org

• java - 为什么 org.ietf、org.omg、org.w3c 和 org.xml 是 POJO 的一部分？

  大家好，我想知道包 org.ietf、org.omg、org.w3c 和 org 是如何实现的.xml 已进入 "official" Java classes ？ 例如，默认 JDK 不会包含 Apa

• schema.org - DBpedia.org 本体与 Schema.org 本体

  首先，我试图用来自 Schema.org 的属性定义数据库表，例如，例如，我有一个名为“JobPosting”的表，它或多或少具有与 http://schema.org/JobPosting 中定义的

• java - 通过 org.w3c.dom.Element 对象作为 org.dom4j.Document 上的参数查找(将 org.w3c.dom.Element 转换为 org.dom4j.Element)

  我有一个 org.w3c.dom.Document 被 org.dom4j.io.DOMReader 解析。 我想通过 org.w3c.dom.Element 搜索 dom4j DOM 文档。 比方说

• java - 无法解析 - org.dom4j.DocumentException : org. dom4j.DocumentFactory 无法转换为 org.dom4j.DocumentFactory

  我正在将我的应用程序部署到 Tomcat 6.0.20。 应用程序使用 Hibernate 作为 Web 层的 ORM、Spring 和 JSF。 我还从 main() 方法制作了简单的运行器来测试

• deployment - 由 : org. dom4j.DocumentException 引起 : org. dom4j.DocumentFactory 无法转换为 org.dom4j.DocumentFactory

  我有一个使用 hibernate > 4 的 gradle 项目。如果我在 Apache tomcat 中运行我的 war 文件，我不会收到任何错误。但是当我在 Wildfly 8.2 中部署它时，出

• Android Studio : Could not find org. jacoco :org. jacoco.agent :org. gradle.testing.jacoco.plugins.JacocoPluginExtension_Decorated

  我正在尝试将 JaCoCo 添加到我的 Android 以覆盖 Sonar Qube。但是在运行命令 ./gradlew jacocoTestReport 时，我收到以下错误。 Task :app:

• org-mode - 在 org 模式下格式化日期

  如何在 emacs 组织模式中格式化日期？ 例如，在下表中，我希望日期显示为“Aug 29”或“Wed, Aug 29”而不是“” #+ATTR_HTML: border="2" rules="all

• org-mode - 在 org 文件中包含代码片段

  我想使用 org 模式来写一本技术书籍。我正在寻找一种将外部文件中的现有代码插入到 babel 代码块中的方法，该代码块在导出为 pdf 时会提供很好的格式。 例如 #+BEGIN_SRC pytho

• schema.org - schema.org 中的产品类别？

  用作引用:https://support.google.com/webmasters/answer/146750?hl=en 您会注意到在“产品”下有一个属性类别，此外页面下方还有一个示例: Too

• schema.org - Schema.org 中的产品列表

  我读了这个Google doc .它说我们不使用列表中的产品。 那么对于产品列表(具有多页的类似产品的类别，如“鞋子”)，推荐使用哪种模式？ 我用这个: { "@context": "htt

• schema.org - schema.org 数据集和维基数据之间是否存在映射？

  我目前在做DBpedia数据集，想通过wikidata实现schema.org和DBpedia的映射。因此我想知道 schema.org 和 wikidata 之间是否存在任何映射。 最佳答案 我认为

• org-mode - org-mode 表内的代码块

  我爱org-tables ，我用它们来记录各种事情。我现在正在为 Nix 记录一些单行代码(在阅读了 Domen Kožar 的 excellent guide 后，在 this year's Eur

• schema.org - schema.org 中的多个作者或贡献者

  如果看一下 Movie在 schema.org 中输入，actor 和 actors 属性都是允许的(actor 取代 actors)。但是 author 和 contributor 属性没有等效项。

• schema.org - Schema.org 中的多家餐厅

  我们有一些餐厅有多个地点或分支机构。我想包含正确的 Schema.org 标记，但找不到任何允许列出多个餐厅的内容。 每家餐厅都有自己的地址、电子邮件、电话和营业时间，甚至可能是“分店名称”。 两个分

• schema.org - Schema.org 的多个综合评级

  我在一个页面中有多个综合评分片段。 有没有办法让其中之一成为默认值？将显示在搜索引擎结果中的那个？ 谢谢大家! 更新:该网页本质上是品牌的页面。它包含品牌评论的总评分及其产品列表(每个产品的总评分)。

• java - org.apache.maven.archiver.MavenArchiver.getManifest(org.apache.maven.project.MavenProject，org.apache.maven.archiver.MavenArchiveConfiguration)

  我提到了一些相关的职位，但并没有解决我的问题。因为我正在使用maven-jar-plugin-2.4 jar。 我正在使用JBoss Developer Studio 7.1.1 GA IDE，并且正

• schema.org - 个人网站是否应该将根页面标记为 schema.org 'Person' ？

  网站的根页面(即 http://example.com/ )的特殊之处在于它是默认的着陆页。它可能包含许多不同的对象类型。 它可能被认为是一个网站，或者一个博客等... 但它是否也应该被标记为给定对象

• org-mode - 如何隐藏一些文本不被 org-publish-* 函数发布？

  我想将一些文本放入一个 org 文件中，当我将内容导出到其中一种目标类型(在本例中为 HTML)时，该文件不会发布。有什么方法可以实现这个目标吗？ 最佳答案 您可能想要使用 :noexport: 标签

• org-mode - 在 org-mode 的编号列表中的步骤之间移动

  org-mode 是否有一个键绑定(bind)可以在编号/项目符号列表项之间移动，就像您可以对标题一样？ 喜欢的功能: org-forward-heading-same-level 大纲下一个可见标题