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DNA序列 由一系列核苷酸组成,缩写为 ‘A’, ‘C’, ‘G’ 和 ‘T’.。
例如,“ACGAATTCCG” 是一个 DNA序列 。
在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列非常有用。
给定一个表示 DNA 序列的字符串 s ,返回所有在 DNA 分子中出现不止一次的长度为 10 的序列(子字符串)。你可以按任意顺序返回答案。
示例 1:
输入:s = “AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT”
输出:[“AAAAACCCCC”,“CCCCCAAAAA”]
示例 2:
输入:s = “AAAAAAAAAAAAA”
输出:[“AAAAAAAAAA”]
提示:
0 <= s.length <= 105
s[i] == ‘A’、‘C’、‘G’ or ‘T’
来源:力扣(LeetCode)
链接:https://leetcode.cn/problems/repeated-dna-sequences
(1)哈希表
该方法比较容易想到,即穷举 s 中所有长度为 10 的子串,并且用哈希表来存储每个子串对应出现的次数。此外,还可以在遍历的过程中判断子串出现的次数,为了防止多次添加重复的子串,如果某一子串出现的为 2,则直接将其添加到 res 中。
(2)哈希表 + 滑动窗口 + 位运算
思路参考本题官方题解。
//思路1————哈希表
class Solution {
public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
List<String> res = new ArrayList<>();
int length = s.length();
if (length <= 10) {
return res;
}
Map<String, Integer> hashMap = new HashMap<>();
for (int i = 10; i <= length; i++) {
String subStr = s.substring(i - 10, i);
hashMap.put(subStr, hashMap.getOrDefault(subStr, 0) + 1);
//防止多次添加重复的子串
if (hashMap.get(subStr) == 2) {
res.add(subStr);
}
}
return res;
}
}
//思路2————哈希表 + 滑动窗口 + 位运算
class Solution {
static final int L = 10;
Map<Character, Integer> bin = new HashMap<Character, Integer>() {{
put('A', 0);
put('C', 1);
put('G', 2);
put('T', 3);
}};
public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
List<String> ans = new ArrayList<String>();
int n = s.length();
if (n <= L) {
return ans;
}
int x = 0;
for (int i = 0; i < L - 1; ++i) {
x = (x << 2) | bin.get(s.charAt(i));
}
Map<Integer, Integer> cnt = new HashMap<Integer, Integer>();
for (int i = 0; i <= n - L; ++i) {
x = ((x << 2) | bin.get(s.charAt(i + L - 1))) & ((1 << (L * 2)) - 1);
cnt.put(x, cnt.getOrDefault(x, 0) + 1);
if (cnt.get(x) == 2) {
ans.add(s.substring(i, i + L));
}
}
return ans;
}
}
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