- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
假设我有一个如下所示的数据框 df1
:
> df1
probe OMIM
1 1565034_s_at 601464
2 201000_at 601065 /// 613287 /// 616339
3 204565_at 615652
4 205355_at 600301 /// 610006
5 205734_s_at 601464
6 205735_s_at 601464
7 206527_at 137150 /// 613163
8 209173_at 606358
9 209459_s_at 137150 /// 613163
10 209460_at 137150 /// 613163
11 215465_at
12 223864_at 610856
13 224742_at 612674 /// 613599
还有第二个数据框,df2
:
> df2
platprobe symbol
1 1565034_s_at,205734_s_at,242078_at,205735_s_at AFF3
2 201000_at AARS
3 201884_at DNALI1
4 202779_s_at PLK1
5 204565_at ACOT13
6 205355_at,226030_at ACADSB
7 205808_at,207284_s_at,209135_at,210896_s_at LIMCH1
8 206164_at,206165_s_at,206166_s_at,217528_at SLC7A8
9 206527_at,209459_s_at,209460_at ABAT
10 209173_at,228969_at AGR2
11 215465_at ABCA12
12 221024_s_at TMEM144
13 223864_at ANKRD30A
14 224742_at,228123_s_at,228124_at ABHD12
15 225421_at,225431_x_at GALNT7
16 226120_at PSAT1
17 228241_at AGR3
我想向 df1
添加一个新列,df1$symbol
,基于 df1$probe
值与 的匹配df2$platprobe
。结果应该是这样的:
> df1
probe OMIM symbol
1 1565034_s_at 601464 AFF3
2 201000_at 601065 /// 613287 /// 616339 AARS
3 204565_at 615652 ACOT13
4 205355_at 600301 /// 610006 ACADSB
5 205734_s_at 601464 AFF3
6 205735_s_at 601464 AFF3
7 206527_at 137150 /// 613163 ABAT
8 209173_at 606358 AGR2
9 209459_s_at 137150 /// 613163 ABAT
10 209460_at 137150 /// 613163 ABAT
11 215465_at ABCA12
12 223864_at 610856 ANKRD30A
13 224742_at 612674 /// 613599 ABHD12
对我来说具有挑战性的部分是 df2$platprobe
在许多情况下包含各种注释,而不是在 in df1$probe
中找到的注释。所以,如果我尝试:
#This will retrieve only perfect matches (where df2$platprobe contains only one possible value, such as ABCA12):
df1$symbol <- df2$symbol[df2$probe %in% df1$platprobe]
#And if I use 'grepl', that won't work:
#(The reason for using 'unlist' and 'strsplit' is because I thought that maybe breaking all possible
#values from the entire df2$platprobe into a object that would work. But it doesn't)
df1$symbol <- df2$symbol[grepl(df1$probe, unlist(strsplit(paste(df2$platprobe, sep=",", collapse=","), ",")))]
非常感谢任何帮助。
PS:另外,如果您对更多主题标题有更好的想法,非常欢迎。
更新谢谢@Anoushiravan R。很抱歉没有把可重现的 df 放在前面。现在,它们在这里:
df1 <- data.frame(probe=c("1565034_s_at", "201000_at", "204565_at",
"205355_at", "205734_s_at", "205735_s_at", "206527_at", "209173_at",
"209459_s_at", "209460_at", "215465_at", "223864_at", "224742_at"
), OMIM = c("601464", "601065 /// 613287 /// 616339", "615652",
"600301 /// 610006", "601464", "601464", "137150 /// 613163",
"606358", "137150 /// 613163", "137150 /// 613163", "", "610856",
"612674 /// 613599"))
df2 <- data.frame(platprobe = c("1565034_s_at, 205734_s_at, 205735_s_at,
227198_at, 242078_at, 243967_at", "201000_at", "201884_at", "202779_s_at",
"204565_at", "205355_at,226030_at", "205808_at, 207284_s_at, 209135_at,
210896_s_at, 224996_at, 225008_at, 242037_at", "206164_at, 206165_s_at,
206166_s_at, 217528_at", "206527_at, 209459_s_at,209460_at", "209173_at,
228969_at", "215465_at", "221024_s_at", "223864_at","224742_at, 228123_s_at,
228124_at", "225421_at,225431_x_at", "226120_at", "228241_at"), symbol=c("AFF3",
"AARS", "DNALI1", "PLK1", "ACOT13", "ACADSB", "LIMCH1", "SLC7A8", "ABAT", "AGR2",
"ABCA12", "TMEM144", "ANKRD30A", "ABHD12", "GALNT7", "PSAT1", "AGR3"))
最佳答案
虽然上面的答案达到了目的,但还表明它可以在没有 purrr
的情况下完成
library(dplyr)
library(tidyr)
library(stringr)
df1 %>% left_join(df2 %>% separate_rows(platprobe, sep = ',') %>%
mutate(platprobe = str_trim(platprobe)), by = c('probe' = 'platprobe'))
probe OMIM symbol
1 1565034_s_at 601464 AFF3
2 201000_at 601065 /// 613287 /// 616339 AARS
3 204565_at 615652 ACOT13
4 205355_at 600301 /// 610006 ACADSB
5 205734_s_at 601464 AFF3
6 205735_s_at 601464 AFF3
7 206527_at 137150 /// 613163 ABAT
8 209173_at 606358 AGR2
9 209459_s_at 137150 /// 613163 ABAT
10 209460_at 137150 /// 613163 ABAT
11 215465_at ABCA12
12 223864_at 610856 ANKRD30A
13 224742_at 612674 /// 613599 ABHD12
关于r - 如何通过匹配另一个数据框中的整个列中的字符串来检索一个数据框中的值?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/67397619/
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