awk - 使用 awk 命令后保留输入文件的格式-6ren

awk - 使用 awk 命令后保留输入文件的格式

转载作者：行者123 更新时间：2023-12-05 09:26:31

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我有一个 pdb 文件，看起来像这样-

ATOM   1737 HG13 VAL X 121      21.938  -9.234  -0.977  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1738  CG2 VAL X 121      21.679  -7.988   1.521  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1739 HG21 VAL X 121      22.611  -7.674   1.050  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1740 HG22 VAL X 121      21.340  -7.213   2.207  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1741 HG23 VAL X 121      21.863  -8.892   2.102  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1742  C   VAL X 121      19.373  -7.193  -1.494  1.00  0.00      SYST  
ATOM   1743  O   VAL X 121      19.712  -7.180  -2.665  1.00  0.00      SYST  
ATOM   1744  OXT VAL X 121      18.180  -7.240  -1.203  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1745  N   CYS X 122       3.096  -0.678 -19.522  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1746  H1  CYS X 122       2.977   0.322 -19.592  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1747  H2  CYS X 122       2.198  -1.101 -19.340  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1748  H3  CYS X 122       3.654  -0.993 -20.303  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1749  CZ  CYS X 122       3.913  -0.961 -18.319  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1750  HA  CYS X 122       3.361  -1.596 -17.626  0.00  0.00      SYST

只要在第 3 个字段中发现“OXT”，我就会尝试将第 5 个字段中的“X”更改为“Y”。我使用 awk 命令编写了以下内容-

awk '$3 == "OXT" {check=!check}check{sub(/X/,"Y",$5)}1' 1vwetest.pdb > 
1vwetestoutput.pdb

然而，这会像这样改变我的输入文件的格式-

ATOM   1737 HG13 VAL X 121      21.938  -9.234  -0.977  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1738  CG2 VAL X 121      21.679  -7.988   1.521  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1739 HG21 VAL X 121      22.611  -7.674   1.050  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1740 HG22 VAL X 121      21.340  -7.213   2.207  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1741 HG23 VAL X 121      21.863  -8.892   2.102  0.00  0.00      SYST  
ATOM   1742  C   VAL X 121      19.373  -7.193  -1.494  1.00  0.00      SYST  
ATOM   1743  O   VAL X 121      19.712  -7.180  -2.665  1.00  0.00      SYST  
ATOM 1744 OXT VAL Y 121 18.180 -7.240 -1.203 0.00 0.00 SYST
ATOM 1745 N CYS Y 122 3.096 -0.678 -19.522 0.00 0.00 SYST
ATOM 1746 H1 CYS Y 122 2.977 0.322 -19.592 0.00 0.00 SYST
ATOM 1747 H2 CYS Y 122 2.198 -1.101 -19.340 0.00 0.00 SYST
ATOM 1748 H3 CYS Y 122 3.654 -0.993 -20.303 0.00 0.00 SYST
ATOM 1749 CZ CYS Y 122 3.913 -0.961 -18.319 0.00 0.00 SYST
ATOM 1750 HA CYS Y 122 3.361 -1.596 -17.626 0.00 0.00 SYST

如何在替换值后保留列宽？还是有其他方法可以做到这一点？

最佳答案

awk 并不关心空格的数量，您也不应该关心。与其尝试精确匹配输入，不如将记录分隔符替换为制表符。例如:

awk '$3 == "OXT" {c=!c} {sub(/X/, c ? "Y" : "X",$5)}1' OFS='\t' input

要注意的是，您需要修改每一行才能进行替换，但这不是什么大问题。

但在您的情况下，将每个单独的字符视为一个字段并通过以下方式保持空白也很容易:

awk '$14$15$16 == "OXT" {c=!c} {sub(/X/, c ? "Y" : "X",$22)}1' FS= OFS= input

如果第 3 列的对齐将 OXT 移出第 14-16 列，这将不起作用，但这可能对您有用。

关于awk - 使用 awk 命令后保留输入文件的格式，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/73881342/

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