r - 来自矩阵的 Spearman 相关性

Question

我有一个如下所示的数据框:

Samples   GENE GEN1  GEN2 GEN3   GEN4 GEN5
Sample1     21.0  160 110 3.90 2.62 16.5
Sample2  21.0  160 110 3.90 2.88 17.0
Sample3    22.8  108  5 3.85 2.32 18.6

我假装是使用 GENE 列与其他列(即 GENEvsGEN1、GENEvsGEN2 等)执行 spearman 相关。并获得一个表，其中包含每列的 rho 和 p 值(结果是发明的):

             rho     p-value
GENEvsGEN1    0.01193936     0.34
GENEvsGEN2 0.0113436     0.034

我知道我可以单独使用:

res2 <-cor.test(data$GENE, data$GEN1,  method = "spearman")
res2

但我有将近 5000 列，因此手动处理每一列是不可行的。

关于我如何处理它有什么建议吗？谢谢!!

Answer 1

您可以使用 for 循环来存储每个比较，如下所示

### Initiating data
data <- data.frame(GENE=rnorm(100),
                   GEN1=rnorm(100),
                   GEN2=rnorm(100),
                   GEN3=rnorm(100))

### Initiating empty dataframe for storing results
matCorrSpearman <- data.frame(gene=paste("GENE vs ", colnames(data)[-1]), rho=rep(NA, ncol(data)-1), pvalue=NA)

### Storing results through a loop
for(i in 2:ncol(data)){
  res <- cor.test(data[, "GENE"], data[, i], method="spearman")
  matCorrSpearman$rho[i-1] <- res$estimate
  matCorrSpearman$pvalue[i-1] <- res$p.value
}

### Display results
matCorrSpearman

结果

           gene        rho    pvalue
1 GENE vs  GEN1 0.10882688 0.2806195
2 GENE vs  GEN2 0.05983798 0.5536572
3 GENE vs  GEN3 0.15259526 0.1294692