python - 无法让 entrez 使用 biopython 返回网格项

Question

快速提问 -- 第一次使用 biopython，我只是想根据教程快速尝试一些真正快速的东西。

我似乎无法让 Entrez.efetch() 返回给定文章的网格术语，唯一的方法似乎是我正在做的，即:

handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)

其中 pmids 是pubmed ID的列表

这将返回以下内容:http://pastie.org/5459700

我尝试根据 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/ 调整 rettype 和 retmode 参数没有运气。有什么明显的我遗漏的吗？

Answer 1

这对我有用:

from Bio import Entrez # install with 'pip install biopython'
from Bio.Entrez import efetch, read
Entrez.email = "your@email.com" # register your email

def get_mesh(pmid):
    # call PubMed API
    handle = efetch(db='pubmed', id=str(pmid), retmode='xml')
    xml_data = read(handle)[0]
    # skip articles without MeSH terms
    if u'MeshHeadingList' in xml_data['MedlineCitation']:
        for mesh in xml_data['MedlineCitation'][u'MeshHeadingList']:
            # grab the qualifier major/minor flag, if any
            major = 'N'
            qualifiers = mesh[u'QualifierName']
            if len(qualifiers) > 0:
                major = str(qualifiers[0].attributes.items()[0][1])
            # grab descriptor name
            descr = mesh[u'DescriptorName']
            name = descr.title()

            yield(name, major)

# example output
for name, major in get_mesh(128):
    print '{}, {}'.format(name, major)