r - ggplot2 & stat_ellipse : Draw ellipses around multiple groups of points

Question

这可能很简单，但我试图在我的 PCoA 图上围绕我的治疗绘制椭圆。

我的数据框 (sc) 是:

             MDS1        MDS2 Treatment
X1xF1 -0.19736183 -0.24299825   1xFlood
X1xF2 -0.17409568 -0.29727596   1xFlood
X1xF3 -0.15272444 -0.28553837   1xFlood
S1    -0.06643271  0.47049959     Start
S2    -0.15143350  0.31152966     Start
S3    -0.26156297  0.12296849     Start
X3xF1  0.29840827  0.04581617  3xFloods
X3xF2  0.50503749 -0.07011503  3xFloods
X3xF3  0.20016537 -0.05488630  3xFloods

我的代码是:

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+geom_point(size=3)+
  ggtitle("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))+
  stat_ellipse()

它绘制 PCoA 直到 stat_ellipse()。我已经用各种参数尝试过，最多只能为整个图得到一个椭圆(尽管我现在似乎无法重现)。

我所追求的是三种处理的三个 CI 椭圆，颜色与处理相同。任何帮助将不胜感激!

谢谢。

Answer 1

ggplot 包中没有stat_ellipse(...)，所以您一定是从其他地方取回的。关心分享？？我知道至少有两个版本，here , 和 here .这些似乎都不适用于您的数据集，这很奇怪，因为它们都适用于其他数据集。

我最终选择了在 ggplot 外部生成省略号的选项，这实际上并不难。

library(ggplot2)
library(ellipse)
centroids <- aggregate(cbind(MDS1,MDS2)~Treatment,sc,mean)
conf.rgn  <- do.call(rbind,lapply(unique(sc$Treatment),function(t)
  data.frame(Treatment=as.character(t),
             ellipse(cov(sc[sc$Treatment==t,1:2]),
                     centre=as.matrix(centroids[t,2:3]),
                     level=0.95),
             stringsAsFactors=FALSE)))

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+
  geom_point(size=3)+
  geom_path(data=conf.rgn)+
  ggtitle(paste("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+
  guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))