r - summary.manova 中的错误 - 残差有等级顺序缺陷

Question

我正在尝试进行多元方差分析。有 7 因变量和代表 6 组的分类自变量。

数据可在此处获得:http://pastebin.com/fqXNjWtr

点击文字上方的下载。我正在使用 R 像这样读取文件(我认为下载文件的名称对您来说应该相同；我使用的是 Macintosh 操作系统):

> df <- read.csv("~/downloads/fqXNjWtr.txt", stringsAsFactors = F)
> str(df)

'data.frame':   244 obs. of  8 variables:
 $ var1              : num  0.3 0 0.312 0 0.643 ...
 $ var2              : num  0 0.125 0 0.375 0.0714 ...
 $ var3              : num  0 0.0625 0.0625 0 0.0714 ...
 $ var4              : num  0.2 0.3125 0.0625 0.0625 0 ...
 $ var5              : num  0.1 0.25 0.438 0.188 0 ...
 $ var6              : num  0.2 0.0625 0.125 0.0625 0.0714 ...
 $ var7              : num  0.2 0.188 0 0.312 0.143 ...
 $ cluster_assignment: int  1 4 2 6 1 4 3 3 4 6 ...

然后我创建因变量 DV:

> df$DV <- as.matrix(df[, 1:7])

然后我进行多元方差分析:

> mv_out <- manova(DV ~ cluster_assignment, data = df)
Call:
   manova(DV ~ cluster_assignment, data = df)

Terms:
                cluster_assignment Residuals
resp 1                    5.160838  6.738524
resp 2                    3.384101  3.622020
resp 3                    0.000200  3.365565
resp 4                    0.065469  2.743549
resp 5                    0.889180  8.019733
resp 6                    0.442187  5.884827
resp 7                    3.133188  7.736993
Deg. of Freedom                  1       242

Residual standard errors: 0.1668686 0.1223398 0.1179292 0.1064752 0.1820423 0.1559406 0.1788045
Estimated effects may be unbalanced

然后当我尝试使用 summary() 函数时，我得到了这个错误:

> summary(mv_out)
Error in summary.manova(mv_out) : residuals have rank 6 < 7

基于其他一些 posts ，这似乎表明在给定变量数量的情况下没有足够的观察值，或者某些预测变量可能是多重共线性的。但这些数据似乎并非如此:

> cor(df[, 1:7)

            var1         var2        var3         var4        var5        var6       var7
var1  1.00000000 -0.417605243 -0.05274197 -0.118358341 -0.25617705  0.06089533 -0.4360312
var2 -0.41760524  1.000000000 -0.07181878  0.008873035 -0.29523300 -0.33954011  0.1958746
var3 -0.05274197 -0.071818782  1.00000000  0.131137673 -0.11624079 -0.14408909 -0.2951076
var4 -0.11835834  0.008873035  0.13113767  1.000000000 -0.14361455 -0.24308229 -0.1491373
var5 -0.25617705 -0.295233000 -0.11624079 -0.143614554  1.00000000 -0.03180183 -0.2383027
var6  0.06089533 -0.339540114 -0.14408909 -0.243082287 -0.03180183  1.00000000 -0.3215075
var7 -0.43603124  0.195874568 -0.29510761 -0.149137349 -0.23830275 -0.32150753  1.0000000

我对可能发生的事情感到困惑。

Answer 1

您可以通过在 ?summary.manova 中设置“tol”参数来解决此错误。 df$DV 未能通过默认的 tol=1e-7 进行秩亏测试，因为 rowSums 为 1。但这可能不会产生您想要的结果。

summary(mv_out,tol=0)
                       Df Pillai approx F num Df den Df Pr(>F)
df$cluster_assignment   1 1.2106  -193.79      7    236       
Residuals             242