awk - 用awk计算距离

Question

我有如下所示的文本文件。

 CA     21.660  -6.795  11.323 
  C     28.811  -9.801  16.262
  O     23.221  -9.266  13.799
  CB    33.528 -11.934  17.900
  N     21.660  -6.795  11.323
  O     32.410  -8.539  16.566

我想计算原子坐标之间的距离。例如，我想读取文件夹中的所有文件并计算第一个和第二个原子之间、第一个和第三个、第一个和第四个等之间的距离。然后，第二个和第三个、第二个和第四个、第二个和第五个等。公式是 SQRT ((X1-X2)^2 + (Y1-Y2)^2 + (Z1-Z2)^2)。我想将每个文件的输出保存到另一个具有输入文件名称的文件夹中。我如何使用 awk 执行此操作？

期望的输出

CA-C  4.52
CA-O  3.80
CA-CB 5.68
CA-N  8.94
--
--
--
N-O   5.98 

您的帮助将不胜感激!

Answer 1

这是使用 GNU awk 的一种方法:

awk 'FNR==NR { a[NR]=$0; next } { for (i=FNR+1;i<=NR-1;i++) { split(a[i],b); print $1 "-" b[1], sqrt(($2-b[2])^2 + ($3-b[3])^2 + ($4-b[4])^2) | "column -t" } NR--}' file file

它可以满足您的要求，但要么您提供的算法与您要求的不同，要么您的预期输出计算不正确(我假设后者是问题所在)。不管怎样，结果如下:

CA-C   9.19601
CA-O   3.83055
CA-CB  14.5092
CA-N   0
CA-O   12.0869
C-O    6.13194
C-CB   5.42981
C-N    9.19601
C-O    3.82595
O-CB   11.4092
O-N    3.83055
O-O    9.62406
CB-N   14.5092
CB-O   3.81517
N-O    12.0869

如果您需要对当前工作目录中的多个文件执行此操作，并假设此目录中只有感兴趣的文件，您可以在 awk< 周围包装一个 for 循环声明。显然，您需要将 /path/to/folder/ 更改为您选择的路径才能正常工作:

for i in *; do awk 'FNR==NR { a[NR]=$0; next } { for (i=FNR+1;i<=NR-1;i++) { split(a[i],b); print $1 "-" b[1], sqrt(($2-b[2])^2 + ($3-b[3])^2 + ($4-b[4])^2) | "column -t > /path/to/folder/" FILENAME } NR--}' "$i"{,}; done