sed - 如何使用sed重命名fasta文件头

Question

我知道这很简单，但我做不到。我正在尝试使用 sed 和 evnet 重命名 header ，尽管 reg experssion 有效，但我无法重命名 fasta header 。这是一个小例子。我有一个类似下面的多序列 fasta 文件

>Bra000001
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

现在我只想像这样在 fasta header 的末尾添加“Brassica rapa”

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

我这样做是为了让它发挥作用

grep ">" in.fa | sed 's/$/ Brassica rapa/' > out.fa

然而，这样做我只能更改标题，而不能更改序列信息。理想情况下，我既要更改标题又要保持序列不变。

Answer 1

您只能使用 sed使用其替换命令，检查该行是否以 > 字符开头，将整行分组并在末尾附加您的字符串，例如:

sed 's/^\(>.*\)$/\1 Brassica rapa/' infile

它产生:

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT