r - 如何使用 ggplot2 制作 3 个离散值的热图？

Question

我对 aes 参数有疑问；不确定它试图告诉我要修复什么。

我的数据框是这样的:

> qualityScores

          Test1  Test2  Test3  Test4 Test5
Sample1      1     2      2      3     1
Sample2      1     2      2      3     2
Sample3      1     2      1      1     3
Sample4      1     1      3      1     1
Sample5      1     3      1      1     2

其中 1 代表通过，2 代表警告，3 代表失败。

这是我数据的dput:

structure(list(Test1 = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L), Test2 = c(2L, 2L, 
2L, 1L, 3L), Test3 = c(2L, 2L, 1L, 3L, 1L), Test4 = c(3L, 3L, 
1L, 1L, 1L), Test5 = c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L)), .Names = c("Test1", 
"Test2", "Test3", "Test4", "Test5"), class = "data.frame", row.names = c("Sample1", 
"Sample2", "Sample3", "Sample4", "Sample5"))

我正在尝试使用 ggplots2 制作一个热图，其中 1 将由绿色表示，2 由黄色表示，3 由红色表示。

这是我的代码:

samples <- rownames(qualityScores)
tests <- colnames(qualityScore)
testScores <- unlist(qualityScores) 

colors <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n=3)

ggplot(qualityScores, aes(x = tests, y = samples, fill = testScores) ) + geom_tile() + scale_fill_gradient2(low = colors[1], mid = colors[2], high = colors[3])

我收到此错误消息:

Error: Aesthetics must either be length one, or the same length as the dataProblems:colnames(SeqRunQualitySumNumeric)

我哪里错了？

谢谢。

Answer 1

如果您将数据从宽格式 reshape 为长格式，这会容易得多。有很多方法可以做到这一点，但在这里我使用了 reshape2

library(reshape2); library(ggplot2)

colors <- c("green", "yellow", "red")

ggplot(melt(cbind(sample=rownames(qualityScores), qualityScores)), 
    aes(x = variable, y = sample, fill = factor(value))) + 
    geom_tile() + 
    scale_fill_manual(values=colors)