r - 使用 R 中的 data.table 按组生成所有 ID 对

Question

我有一个 data.table，其中包含许多组中的许多个人(具有 ID)。在每个组中，我想找到 ids 的每个组合(每对个体)。我知道如何使用 split-apply-combine 方法来做到这一点，但我希望 data.table 会更快。

示例数据:

dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))

拆分-应用-合并方法:

datS <- split(dat, f=dat$groups)

datSc <- lapply(datS, function(x){ as.data.table(t(combn(x$ids, 2)))})

rbindlist(datSc)

head(rbindlist(datSc))
V1 V2
1:  2  5
2:  2 10
3:  2 19
4:  5 10
5:  5 19
6: 10 19

我最好的 data.table 尝试生成单列，而不是包含所有可能组合的两列:

dat[, combn(x=ids, m=2), by=groups]

提前致谢。

Answer 1

您需要将 t(combn()) 的结果(矩阵)转换为 data.table 或 data.frame ，所以这应该有效:

library(data.table)  
set.seed(10)
dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))
dt <- dat[, as.data.table(t(combn(ids, 2))), .(groups)]
head(dt)
   groups V1 V2
1:      C  1  3
2:      C  1  5
3:      C  1  7
4:      C  1 10
5:      C  1 13
6:      C  1 14