r - scale_fill_viridis_c 对数标尺上的颜色条

Question

我希望这不是重复的，但我不能再搜索互联网了。我真的很想生成一个热图，但颜色条是对数刻度。我不一定要将我的值转换为日志，而是更改颜色条，使其从 0, 0.01, 0.1, 1, 10, 100 运行。我包含了一个 reprex，它显示了我正在使用的数据的示例，下面是我希望概括的一篇论文中的图表。

library(tidyverse)

my_data <- tibble(sample_name = rep(c("A", "B", "C"), 3),
                  sample_genus = c(rep("Genus1", 3), rep("Genus2", 3),rep("Genus3", 3)),
                  sample_abundance = c(0,5,45,0.3,0.01,15,1,8,89))

ggplot(data = my_data, aes(x = sample_name,
                           y = sample_genus,
                           fill = sample_abundance)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(limits = c(0, 100))

^{由 reprex package 创建于 2019-08-16 (v0.3.0)}

Answer 1

这是一种使用 scales::pseudo_log_trans 的方法，它让我们绘制 0 但过渡到对数缩放超过 1。

my_breaks <- c(0, 0.01, 0.1, 1, 10, 100)

ggplot(data = my_data, aes(x = sample_name,
                           y = sample_genus,
                           fill = sample_abundance)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(breaks = my_breaks, labels = my_breaks, 
                       trans = scales::pseudo_log_trans(sigma = 0.001))