openbabel - 打开 babel : how to create multiple output files (split the input)?

Question

我有一个 .pdb 文件，其中包含同一分子的多个构象异构体。现在我想将这些构象异构体中的每一个转换为单独的 .xyz 文件。根据 open babel help，这可以通过 -m 选项来完成。

-m Produces multiple output files, to allow:
   Splitting: e.g.        babel infile.mol new.smi -m
    puts each molecule into new1.smi new2.smi etc
   Batch conversion: e.g. babel *.mol -osmi -m
    converts each input file to a .smi file

但这只转换第一个几何体然后停止:

babel -ipdb confs.pdb -oxyz test.xyz -m
  1 molecule converted
  14 audit log messages

(在 Ubuntu 和 OSX 上测试了 open babel 2.3.2)

关于如何修复该问题或改用哪个程序有什么建议吗？

Answer 1

使用这个 linux 命令拆分你的 pdb 文件:

grep -n 'MODEL\|ENDMDL' models.pdb | cut -d: -f 1 | \
 awk '{if(NR%2) printf "sed -n %d,",$1+1; else printf "%dp models.pdb > model_%03d.pdb\n", $1-1,NR/2;}' |  bash -sf

输入文件为models.pdb，分割文件命名为model_0001.pdb、model_0002.pdb...等

此处有更多详细信息:https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php/Split_NMR-style_multiple_model_pdb_files_into_individual_models