python - 在Biopython PDB模块中获取残基编号和残基名称

Question

我目前正在使用 pymol 的迭代来获取所有残基编号，然后我使用它们来检索残基名称。我认为这不是最好的方法。我试图在 biopython 中寻找一种方法无济于事。非常感谢您的意见和建议。

一个附带问题，有时甚至 chain[i].resname 都会给我一个 KeyError: (' ', 'number', ' ') 和一个特定的残基，这让我使用了一个 try 和 except block 。还有其他选择吗？

from Bio import *
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')    
model = structure[0]
chain = model['A']

import __main__
__main__.pymol_argv = ['pymol','-qc']
import pymol
from pymol import cmd, stored
pymol.finish_launching()
cmd.load('5bmy.pdb')  # use the name of your pdb file
stored.residues = []
cmd.iterate('name ca', 'stored.residues.append(resi)')
numbers = [ int(x) for x in stored.residues ]
for i in numbers:
    print (chain[i].resname)

Answer 1

通过查看 API(以及可通过命令 dir(chain) 链接的内容)，我可以看到有一个方法 get_residues() .查看包含的一个残基，我可以看到有一个函数 get_resname()。使用这些，您的问题的一个解决方案可能是:

from Bio import *
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')    


model = structure[0]
chain = model['A']

for i in chain.get_residues():
    print(i.get_resnames())

这给出了一个不需要 pymol 的解决方案。