r - 使用 `testthat` 对写入/读取文件的函数或 Fortran 错误进行单元测试

Question

使用 testthat 对读取和写入文件的函数进行单元测试的最佳方法是什么？

很抱歉问了一个复杂的问题，但我不确定这里出了什么问题。

我已经在 Fortran 中实现了很多函数，可以读取和写入文件。它们被编译在一个 R 包 cf 中。编写 R 扩展手册。我使用 testthat 进行的单元测试会生成随机内容，这些内容会使用 tempfile() 写入临时文件。在 R 包上运行 R CMD 检查可以在我的本地 Windows 机器上运行。

使用 R-devel 运行失败，因为它无法检测到 R-3.5.0 (devel) 的 Rtools。所以我提交给win-builder。

http://win-builder.r-project.org/但是失败并出现以下错误:

  At line 9 of file auxil.f95
Fortran runtime error: Actual string length is shorter than the declared one for dummy argument 'fn' (96/255)

与相应的 Fortran 源代码:

subroutine get_nlines(fn, nlines, stat) !line 9
  implicit none

  !! Arguments
  character(255), intent(in) :: fn
  integer, intent(out) :: nlines, stat

  !! Local variables
  character(len=1) :: one

  nlines = 0
  open(40, file=fn, status='OLD')
  do
    read(40, *, iostat=stat) one
    if (stat /= 0) exit
    nlines = nlines + 1
  end do
  close(40)

end subroutine

Fortran代码存放在R包的src子目录下，调用时用

get_nlines <- function(fn) {
  stopifnot(file.exists(fn))
  res <- .Fortran('get_nlines', fn=as.character(fn), nlines=integer(1), stat=integer(1))
  if (res$nlines == 0 & res$stat != 0) {
    warning(paste0('get_nlines did not read lines; IOSTAT error ', res$stat, '.'))
    return(structure(NA, code=res$stat))
  }
  res$nlines
}

原来如此。不知道是我的Fortran代码写错了，还是win-builder服务器上出现的问题。

Answer 1

“我不知道我的 Fortran 代码是否有误” 从您的问题中，我仍然无法理解您所显示的代码是否是您的代码，或者它是否在内部您正在使用的一些 R 包。

如果它是您所说的 Fortran 代码(您没有显示任何其他内容)，那么您应该尝试使用 character(*) 而不是 character(255)，因为没有明显的理由要求确切的固定长度为 255。这正是错误消息所提示的，即 fn 不完全是您在 get_nlines() 中要求的 255 个字符。