segmentation-fault - Fortran 认为未分配的数组已经分配

Question

我面临以下问题，无法弄清楚发生了什么。

我有一个在代码开头分配一些工作数组的例程。这些工作数组是数据结构的一部分。

结构定义为:

 Type bond_stat
  Real*8,Allocatable,Dimension( : , : ) ::data_space
  Real*8,Allocatable,Dimension( : , : ) ::data_time
  Real*8,Allocatable,Dimension( : )     ::bin_width         
  Real*8,Allocatable,Dimension( : )     ::time
  Integer,Allocatable,Dimension( : , : )  ::connection_table
 End Type bond_stat
 Type( bond_stat ),allocatable,dimension( : ) ::Hbonds

这是在模块内完成的。下一步我要做的是将此结构分配为

Allocate( Hbonds( 1:2 ) )

然后我调用一个子例程，在该子例程中分配结构中包含的数组。奇怪的是现在如果我尝试用

分配数组

 Allocate( Hbonds( i )%data_space( 1 : 3 , 1 : Nbins ) )
 Allocate( Hbonds( i )%data_time( 1 : 1 , 1 : Nbins ) )
 Allocate( Hbonds( i )%time( 1 : N ) )
 Allocate( Hbonds( i )%bin_width( 1 : 2 ) )
 Allocate( Hbonds( i )%connection_table( 1 : 2 , 1 : N ) ) )

如果我这样做，代码会在执行时指出例如时间数组已经分配。我 100% 肯定我之前没有分配这个数组。我也确信这个数组之前没有被使用过，也许编译器分配了它，因为它已经在使用中了。所以我想我会检查数组是否已经分配，​​如果它被分配然后释放它并重新分配它。如果这样做，我会在解除分配行中收到段错误:

    If ( Allocated( Hbonds( i )%time ) ) then
       Deallocate( Hbonds( i )%time )
    End If
    Allocate( Hbonds( i )%time( 1 : N ) )

我完全不明白这里发生了什么。请任何人帮忙。输出如下:

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory 
reference.
Backtrace for this error:
#0  0x2b54685d3f0d in ???
#1  0x2b54685d314d in ???
#2  0x2b5468e4acaf in ???
#3  0x2b5468e9715c in ???
#4  0x4d27cf in __bond_statistics_MOD_bond_stat_init
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:35
#5  0x4c8f5f in __bond_statistics_MOD_prep_bond_stat
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:
350
#6  0x44477a in ???
#7  0x446724 in ???
#8  0x2b5468e35f44 in ???
#9  0x4016c8 in ???
#10  0xffffffffffffffff in ???
Segmentation fault (core dumped)

并且当在它看起来像之前不尝试解除分配数组时:

At line 38 of file H_bond_analysis.f90
Fortran runtime error: Attempting to allocate already allocated variable 'hbonds'
Error termination. Backtrace:
#0  0x2ae8991bef0d in ???
#1  0x2ae8991bfa45 in ???
#2  0x2ae8991bfdfa in ???
#3  0x4d28e5 in __bond_statistics_MOD_bond_stat_init
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:38
#4  0x4c8f5f in __bond_statistics_MOD_prep_bond_stat
at/fs/home/jona/programs/gfortran/eval_new01/playground/H_bond_analysis.f90:350
#5  0x44477a in ???
#6  0x446724 in ???
#7  0x2ae899a20f44 in ???
#8  0x4016c8 in ???
#9  0xffffffffffffffff in ???

第 38 行是分配时间的行。我正在使用带有标志的 gfortran 编译器FLAGS = -fopenmp -g -Wall -fcheck=all -fbounds-check

Answer 1

我现在知道问题出在哪里了。我正在使用 makefile 来编译代码。今天我想向 bond_stat 模块添加更多数组，但在执行 makefile 后我又遇到了同样的错误。我现在所做的是手动重新编译所有模块，而不更改代码本身的任何内容。这解决了问题。