r - 如何在具有丰度数据的表上进行 PCA，但将其与 R 中站点的环境参数向量叠加？

Question

[下面的图 4 是我需要的结果，其他 2 个图显示了我从我的数据中得到的:关于环境数据或丰度数据的 PCA 没有重复的 R - how to make PCA biplot more readable 或 Plotting pca biplot with ggplot2

它在 PCA 中同时处理丰度和环境数据，使用两个不同的数据框架:我被告知它应该以这种方式工作，从 PCA1 你得到物种的坐标，而不是用第二个命令覆盖物种坐标向量，而不是来自 PCA 1，而是来自与第一个具有相同站点的另一个数据集不是丰度而是环境数据。

我的教授在 abundance 上做了 PCA和 10 年前的环境数据。他将物种丰度数据的主成分分析 (PCA) 结果与 PCA 分数与可能影响物种的环境因素之间的相关性叠加起来 ciliate分布。当我有一个数据框列出了 33 个地点每个物种的丰度，还有一个数据框列出了 33 个地点的 12 个不同环境参数时，我如何在 R 中做到这一点？所以例如具有以下数据

#Create random dataframe of abundance data, I am sure this can be done simpler and more elegant than this ;)
species<-c("spec1", "spec2", "spec3", "spec 4", "spec 5", "spec 6", "spec7")
site1<-c(2,4,19,34,3,6,9)
site2<-c(5,8,9,12,0,1,1)
site3<-c(23,56,7,1,1,1,2)
site4<-c(4,6,2,8,5,1,7)
abundance<-data.frame(species,site1,site2,site3,site4)
rownames(abundance)<-abundance$species
abundance<-abundance[,-1]
#Create random dataframe of abundance data
#environmental parameters of the sites
X<-c("site1","site2","site3","site4")
Temp<-c(24,24.5,23.5,25)
Chla<-c(2.2,1.5,2.0,3.4)
Salinity<-c(24,25,26,23)
Depth<-c(200,400,600,200)
environment<-data.frame(X,Temp,Chla,Salinity,Depth)
rownames(environment)<-environment$X
environment<-environment[,-1]
###PCA on abundance data
#hellinger pre-transformation of abundance data
??decostand
library(vegan)
abu.h<-decostand(abundance,"hellinger")
abu.h.pca<-prcomp(abu.h)
biplot(abu.h.pca)
##and now I would need to discard the sites vectors and overlay it with 
#the environmental sites factors, due to my prof?
?prcomp
envir.PCA<-prcomp(environment,scale = TRUE)
biplot(envir.PCA)
?biplot

Answer 1

我找到了一个解决方案:envfit {素食主义者}
将环境向量或因子拟合到排序上