python-3.x - 在标题中对齐具有不同形状和 q_offset 值的 nifti 文件

Question

我有一个全身 MRI 扫描，标题如下:

{

dim             : [  3 320 260  96   1   0   0   0]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      0.00436 0.      0.      0.     ]

qoffset_x       : -216.09375

qoffset_y       : -178.90625

qoffset_z       : -664.5

srow_x          : [   1.40625    0.         0.      -216.09375]

srow_y          : [   0.         1.40625    0.      -178.90625]

srow_z          : [   0.         0.         3.      -664.5]

}

全身 MRI 扫描中不同器官的二进制 label-maps。我需要将它们合并为一个漂亮的标签映射文件。
其中一个 label-map 在其 header 中具有不同的形状和 q_offset 值，这使得合并变得困难。下面那个标签映射漂亮文件的标题:

{

dim             : [ 3 55 49 28  1  1  1  1]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      1.      1.      1.      1.     ]

qoffset_x       : 119.41935

qoffset_y       : 106.36636

qoffset_z       : -503.68216

srow_x          : [ -1.40625   0.        0.      119.41935]

srow_y          : [  0.       -1.40625   0.      106.36636]

srow_z          : [  0.        0.        3.      -503.68216]

}

当我使用 3dSlicer 将单个标签图叠加在全身 MRI 扫描上时，它完美地叠加了相关器官，但由于形状是不同的是，一旦合并所有标签图后，它就不起作用了[脾脏器官的黄色标签图]。

这是它在 3dSlicer 中的样子 [寻找黄色区域。]。

但预期的可视化区域位于下图的右下方。 (脾脏器官)

由于体素分辨率相同，我认为这与不同的q_offset值有关。

请告诉我是否有人有解决方案。

Answer 1

这取决于您的查看/后处理程序需要什么。

一些程序需要相同的分辨率(在您的情况下这不是真的)，但可能允许不同的 Q/S 形式(当它们未被使用时)。

其他的允许您叠加不同分辨率的图像，但随后依靠 Q/S 表单将图像定位在 View 框中。

在您的 nifti header 中有一件有趣的事情是，S 形中的 x 和 y 体素大小在扫描中为正，在标签中为负。

这意味着:

• 在 MR 扫描中从左到右增加 x 索引
• 增加的 x 索引在标签中从右到左

和

• 在 MR 扫描中从前到后增加 y 指数
• 增加 y 索引在标签中从后到前

由于您的查看器似乎考虑了 Q/S 形式，这意味着体素数据本身会在两个方向上交换。但这也意味着重心可能需要调整(在一种情况下:偏移是从左/前，在另一种情况下是从右/后)。

您可以使用新偏移量已更改的文件副本进行测试。 S 形确实看起来标签已对齐(偏移量大于边界框的范围)，但可能无法使用能够很好地处理具有不同 LR 和 AP 方向的图像的工具。