r - 随机森林模型的形状图

Question

我想获取 Ranger/随机森林模型变量的 Shap Contribution，并在 R 中绘制这样的图:

beeswarm plots

我尝试使用以下库:DALEX、shapr、fastshap、shapper。我只能得到这样的情节: fastshap plot

有没有可能得到这样的情节？我试过 reticulate 包，但它仍然不起作用。

Answer 1

随机森林需要种植许多深树。尽管可能，为深树处理 TreeSHAP 需要大量内存和 CPU 能力。另一种方法是使用适用于所有类型模型的 Kernel SHAP 算法。

library(ranger)
library(kernelshap)
library(shapviz)

set.seed(1)
fit <- ranger(Sepal.Length ~ ., data = iris,)

# Step 1: Calculate Kernel SHAP values
# bg_X is usually a small (50-200 rows) subset of the data
s <- kernelshap(fit, iris[-1], bg_X = iris)

# Step 2: Turn them into a shapviz object
sv <- shapviz(s)

# Step 3: Gain insights...
sv_importance(sv, kind = "bee")
sv_dependence(sv, v = "Petal.Length", color_var = "auto")

免责声明:我写了“kernelshap”和“shapviz”