r - 如何从文件中导入保存的 mice/mids 对象

Question

我正在寻找一种将 mice 对象导出到文件的方法，以便将来可以将其加载回来进行进一步分析。我找到了一些关于使用 miceadds::write.mice.imputation 将数据保存到本地文件的信息。我还在 Exporting multiple imputed objects with MICE 中找到了类似的帖子但是该帖子中接受的答案并没有真正解决问题，write.mice.imputation 可以将估算的数据、变量列表等保存到文件中，但它不会保存重建 mice 对象的信息。

library(mice)
library(miceadds)

imp <- mice::parlmice(data=nhanes, n.core = 4, n.imp.core = 1, m=3, maxit = 50, print=T)
write.mice.imputation(mi.res=imp, name="mice_imp1")

我看到在本地创建了 mice_imp1 文件夹，其中还保存了一些数据。但是使用下面的代码加载数据并没有重新生成mice对象

library(mice)
library(miceadds)

oldData <- read.table("mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA1.dat")
stripplot(oldData, pch=20, cex=2) # this line gives error

最后一行无法编译，因为 oldData 只是数据而不是 mice 对象。

Answer 1

一方面，write.mice.imputation 将多个估算数据集的每一个存储在 .dat 文件中，另一方面，它存储 “mids”对象作为 .Rdata 文件。当您想要后者时，您加载了前者。

library(mice)
library("miceadds")

impdir <- "./mice_imp1"
imp <- mice::parlmice(data=nhanes, n.core=4, n.imp.core=1, m=3, maxit=50, print=T)
write.mice.imputation(mi.res=imp, name=impdir, mids2spss=F)
ls()  ## whats in the wrkspace?
# [1] "imp"    "impdir"
rm(imp)  ## remove the mice data

查看存储了哪些对象的目录，我们可能需要 mice_imp1.Rdata 文件，

file.info(list.files("./mice_imp1", full.names=T))[,1, drop=F]
# mice_imp1/mice_imp1.Rdata                14105
# mice_imp1/mice_imp1__DATALIST.Rdata        734
# mice_imp1/mice_imp1__IMP_LIST.txt          108
# mice_imp1/mice_imp1__IMP_SUMMARY.txt      3875
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA1.dat          365
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA2.dat          363
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA3.dat          363
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA4.dat          365
# mice_imp1/mice_imp1__IMPMETHOD.csv          37
# mice_imp1/mice_imp1__LEGEND.txt             20
# mice_imp1/mice_imp1__LONG.dat             1878
# mice_imp1/mice_imp1__PREDICTORMATRIX.csv    70
# mice_imp1/mice_imp1__VARNAMES.txt           20

我们可以加载。

load("mice_imp1/mice_imp1.Rdata")
ls()
# [1] "impdir" "mi.res"

它作为 "mi.res" 类 "mids" 出现，

class(mi.res)
# [1] "mids"

并且可以绘制。

stripplot(get("mi.res"), pch=20, cex=2)