snakemake 同时使用 --keep-going 和 --stats

Question

--keep-going 标志告诉 snakemake 在工作失败时继续独立工作。
--stats/path_to_the_runtime_statistics_file 选项在管道末端生成所有规则的运行时统计信息。

但是，如果作业失败，则管道根本不会生成运行时统计文件。
IE。如果您有 100 个作业并且只有一个失败，则不会生成有关 99 个成功作业的运行时统计信息。
应该如何获得作业成功的运行时统计信息？
提前致谢。

Answer 1

如果您看到 snake 使 API 文档了解如何调用 --stats execute function implementation .你会知道，实现调用 snakemake.stats module implemtation在条件为 if success:!所以，对你的问题的直接回答是不，你不能这样做!

前进的两种方式:

1. 快速简单的解决方案使用他们的统计实现，并根据您的需要编写您想执行的操作/调用特定功能! :)

from snakemake import stats
and do whatever you want .....

1. 如果不能，请在 snakemake github 上创建问题，他们的开发人员会根据优先级将此功能添加到较新版本的 snakemake 中!这个过程非常缓慢。