r - 控制 genoPlotR plot_gene_map 中的边距

Question

我正在通过 genoPlotR R 包生成一个 plot_gene_map 图，它给出了一个水平的系统发育树，其中与每片叶子对齐的是基因组片段。

这是一个说明我的用法和问题的简单示例:

plot_gene_map 函数需要一个 ade4 的包 phylog 对象，它表示系统发育树:

tree <- ade4::newick2phylog("(((A:0.08,B:0.075):0.028,(C:0.06,D:0.06):0.05):0.0055,E:0.1);")

genoPlotR 的 dna_seg 对象列表(本质上是具有特定列的 data.frame)，其中列表元素必须与 tree 的叶子名称相匹配:

dna.segs.list <- list(A=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.A.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="red")),
                      B=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.B.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="blue")),
                      C=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.C.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="green")),
                      D=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.D.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="yellow")),
                      E=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.E.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col="black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type="blocks",fill="orange")))

以及 genoPlotR 的 annotation 对象列表，它提供坐标信息，也根据 tree 叶子命名:

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)

函数的调用是:

genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=1.3,annotation_cex=0.9,scale=F,dna_seg_scale=F)

给出:

如您所见，顶部和右侧的框(基因)名称被截断了。

我尝试使用 pdf 的 width 和 height，将图形保存到文件时，边距通过 par 的 mar，但它们没有任何效果。

1. 知道如何在不截断名称的情况下显示此图吗？

2. 目前 genoPlotR 的 plot_gene_map 没有实现 legend 选项。知道如何添加图例，假设在这些标签旁边的正方形中显示这些颜色:

   data.frame(label = c("A","B","C","D","E"), color = c("red","blue","green","yellow ","橙色"))

Answer 1

很高兴您喜欢 genoPlotR。

您的问题没有真正优雅的解决方案，但您可以尝试以下几种方法: - 增加 annotation_height 并减少 annotation_cex - 在注释功能中增加旋转(“rot”) - 使用 xlims 人为地增加 dna_seg 的长度(但这是一个糟糕的 hack)

对于其余部分(包括图例)，您必须使用网格及其视口(viewport)。

前 3 种解决方案的混合:

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids, x2=NA, text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=75,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=5,annotation_cex=0.4,scale=F,dna_seg_scale=F, xlims=rep(list(c(0,110)),5))

对于更好的网格解决方案:(注意调用 plot_gene_map 时的“plot_new=FALSE”)

# changing rot to 30
annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
 mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col="black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)


# main viewport: two columns, relative widths 1 and 0.3
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1,2, widths=unit(c(1, 0.3), rep("null", 2))), name="overall_vp"))
# viewport with gene_map
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1, name="geneMap"))
genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=3,annotation_cex=0.5,scale=F,dna_seg_scale=F, plot_new=FALSE)
upViewport()
# another viewport for the margin/legend
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2, name="legend"))
plotLegend(…)
upViewport()

希望对您有所帮助!

莱昂内尔