r - 使用鼠标功能时出错 : nothing left to impute

Question

我试图在数据框中填充我的 NA 数据。我做了简单的数据:

library(mice)
first <- c(1,2,3,4,5,NA,7,8,9,NA)
second<- c(1,2,NA,4,5,6,7,NA,9,10)
sample_data <- data.frame(first,second)
imp2 <- mice(sample_data)

我收到了这条消息

Error in edit.setup(data, setup, ...) : nothing left to impute

我该如何解决这个问题？

Answer 1

这是因为数据有很高的共线性，mice函数在内部检查共线性的阈值，如果没有通过则提示上述错误。它使用mice:::find.collinear() 函数在内部。

要覆盖它，您可以使用以下内容，但它可能会产生一些奇怪的结果，因此不推荐这样做:

mice(sample_data, remove.collinear=FALSE)

示例:

library(mice)
data("nhanes")
nhanes

输出:

   age  bmi hyp chl
1    1   NA  NA  NA
2    2 22.7   1 187
3    1   NA   1 187
4    3   NA  NA  NA
5    1 20.4   1 113
6    3   NA  NA 184
7    1 22.5   1 118
8    1 30.1   1 187
9    2 22.0   1 238
10   2   NA  NA  NA
11   1   NA  NA  NA
12   2   NA  NA  NA
13   3 21.7   1 206
14   2 28.7   2 204
15   1 29.6   1  NA
16   1   NA  NA  NA
17   3 27.2   2 284
18   2 26.3   2 199
19   1 35.3   1 218
20   3 25.5   2  NA
21   1   NA  NA  NA
22   1 33.2   1 229
23   1 27.5   1 131
24   3 24.9   1  NA
25   2 27.4   1 186

imp <- mice(nhanes)
imp

# list the actual imputations for BMI
imp$imp$bmi

# first completed data matrix
complete(imp)

输出最终估算数据:

   age  bmi hyp chl
1    1 26.3   1 187
2    2 22.7   1 187
3    1 28.7   1 187
4    3 24.9   2 206
5    1 20.4   1 113
6    3 22.5   2 184
7    1 22.5   1 118
8    1 30.1   1 187
9    2 22.0   1 238
10   2 20.4   1 131
11   1 22.7   1 187
12   2 22.0   1 238
13   3 21.7   1 206
14   2 28.7   2 204
15   1 29.6   1 187
16   1 26.3   1 187
17   3 27.2   2 284
18   2 26.3   2 199
19   1 35.3   1 218
20   3 25.5   2 204
21   1 22.0   1 118
22   1 33.2   1 229
23   1 27.5   1 131
24   3 24.9   1 204
25   2 27.4   1 186

下面是函数的文档和一个与你相关的类似的 github issue。

文档:https://www.rdocumentation.org/packages/mice/versions/3.6.0/topics/mice

Github 问题:https://github.com/stefvanbuuren/mice/issues/194