python - 找到一段 DNA 的最长回文子串

Question

我必须编写一个函数来打印一段 DNA 的最长回文子串。我已经写了一个函数来检查一段 DNA 本身是否是回文。请参阅下面的函数。

def make_complement_strand(DNA):
    complement=[]
    rules_for_complement={"A":"T","T":"A","C":"G","G":"C"}
    for letter in DNA:
        complement.append(rules_for_complement[letter])
    return(complement)

def is_this_a_palindrome(DNA): 
        DNA=list(DNA)
        if DNA!=(make_complement_strand(DNA)[::-1]):     
            print("false")                  
            return False
        else:                             
            print("true")
            return True

is_this_a_palindrome("GGGCCC") 

但是现在:如何使函数打印 DNA 字符串的最长回文子串？

回文在遗传学背景下的含义与用于单词和句子的定义略有不同。由于双螺旋是由两条从 5' 到 3' 方向相反的核苷酸链形成的，并且核苷酸总是以相同的方式配对(对于 DNA，腺嘌呤 (A) 和胸腺嘧啶 (T)，尿嘧啶 (U) 表示 RNA；胞嘧啶 (C) 表示鸟嘌呤 (G))，如果(单链)核苷酸序列与其反向互补序列相等，则称其为回文序列。例如，DNA序列ACCTAGGT是回文序列，因为它的核苷酸与核苷酸的互补序列是TGGATCCA，将互补序列中核苷酸的顺序颠倒得到原始序列。

Answer 1

在这里，这应该是获得最长回文子串的不错起点。

def make_complement_strand(DNA):
    complement=[]
    rules_for_complement={"A":"T","T":"A","C":"G","G":"C"}
    for letter in DNA:
        complement.append(rules_for_complement[letter])
    return(complement)

def is_this_a_palindrome(DNA): 
        DNA=list(DNA)
        if DNA!=(make_complement_strand(DNA)[::-1]):     
            #print("false")                  
            return False
        else:                             
            #print("true")
            return True


def longest_palindrome_ss(org_dna, palindrone_func):
    '''
    Naive implementation-

    We start with 2 pointers.
    i starts at start of current subsqeunce and j starts from i+1 to end
    increment i with every loop

    Uses palindrome function provided by user

    Further improvements- 
    1. Start with longest sequence instead of starting with smallest. i.e. start with i=0 and j=final_i and decrement.
    '''
    longest_palin=""
    i=j=0
    last_i=len(org_dna)
    while i < last_i:
        j=i+1
        while j < last_i:
            current_subsequence = org_dna[i:j+1]
            if palindrone_func(current_subsequence):
                if len(current_subsequence)>len(longest_palin):
                    longest_palin=current_subsequence
            j+=1
        i+=1
    print(org_dna, longest_palin)
    return longest_palin


longest_palindrome_ss("GGGCCC", is_this_a_palindrome)
longest_palindrome_ss("GAGCTT", is_this_a_palindrome)
longest_palindrome_ss("GGAATTCGA", is_this_a_palindrome)

这里是一些处决 -

mahorir@mahorir-Vostro-3446:~/Desktop$ python3 dna_paln.py 
GGGCCC GGGCCC
GAGCTT AGCT
GGAATTCGA GAATTC