python - 在 astropy 表的 numpy 数组中转换一个 astropy 表列表

Question

我尝试在 astropy 表的 numpy 数组中转换一个 astropy 表列表。在第一个实例中，我尝试了 np.asarray(list) 和 np.array(list) 但列表中的 astropy 表被转换为 numpy ndarray 列表。

示例:

t = Table({'a': [1,2,3], 'b':[4,5,6]})  
t2 = Table({'a': [7,8,9], 'b':[10,11,12]})
mylist = [t1, t2]
print(mylist)

输出是:

[<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    1     4
    2     5
    3     6, 
<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    7    10
    8    11
    9    12]

然后如果我应用 np.array() 输出是:

array([[(1,  4), (2,  5), (3,  6)],
       [(7, 10), (8, 11), (9, 12)]], dtype=[('a', '<i8'), ('b', '<i8')])

但我想要以下内容:

array([<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    1     4
    2     5
    3     6, 
<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    7    10
    8    11
    9    12])

我的实际解决方案是:

if isinstance(mylist, list):
    myarray = np.empty(len(mylist), dtype='object')
    for i in range(len(myarray)):
        myarray[i] = mylist[i]
else:
    myarray = mylist
return myarray

它有效，但我在想 numpy 中可能有一些内置的东西可以做到这一点，但我找不到它。

Answer 1

这看起来是 Astropy 表的限制，我认为这是一个错误:Astropy 的表将阻止对 NumPy 数组的强制转换，因为这并不总是有效:代码中有一个特定的检查会引发 ValueError 如果在尝试将表转换为 NumPy 数组时指定了 dtype。

当然，这里你处理的是一个列表。但是现在您遇到了两个问题:NumPy 将尝试将列表转换为数组，并对每个单独的元素应用转换。您要么得到一个没有指定 dtype 的二维数组，要么得到一个指定了 dtype 的 ValueError:

ValueError: Datatype coercion is not allowed

错误(我认为)是 Astropy 检查 dtype anything 而不是 None。因此，即使 object 作为 dtype 也会引发此错误，我不确定它是否应该引发此错误。

因此，在我看来，您的解决方法很好。不理想，但它可以完成工作，而且基本上只有 2-3 行代码。

---

但是，既然您提到了 bool 索引，请考虑以下事项，同时将所有内容都保存在一个列表中(我认为这是更好的选择:NumPy 数组实际上是用于数字，而不是对象):

indices = [True, False, True, False]
my_list = [....]  # list of tables
selection = [item for item, index in zip(my_list, indices) if index]  # filter all True values

或对于编号索引:

indices = [1, 3, 5, 6]
my_list = [....] # list of tables
selection = [my_list[i] for i in indices]

行数与 NumPy 索引相同，除非您的列表增长到数千(百万)个元素，否则您不会注意到性能差异。 (如果它确实增长到数百万个元素，您可能需要重新考虑您的数据结构，这需要在代码的其他地方进行更多重写。)