r - 如何在 R Shiny 应用程序中嵌入清洁代码？

Question

我在一家图书馆工作，我们在 csv 中获得常规数据库输出，其中包含期刊文章信息(标题、作者、摘要等)。它有 67 列，每次列名都相同。每行都有不同期刊文章的引用信息。目标是在一个列中创建一个完整引用的电子表格(通过将不同的列粘贴在一起，如作者和出版日期)和在另一列中创建开放访问状态，删除无关的列。我写了一些 R 代码，自动删除不必要的列并将其余列粘贴在一起，当我是唯一一个清理人员时，它工作得很好。但是，我的主管希望办公室中的其他人能够执行这项工作，并要求我制作一个 R Shiny 应用程序来执行此操作。我以前从未创造过。虽然我已经设法为脚本的上传和下载部分编写了代码，但我在实际让清理部分工作时遇到了麻烦。这第一段代码是我已经在应用程序外部进行的清洁工作，它可以正常工作。

library(tidyverse)
#data is the name of the csv after I load it
datasubset= subset(data, select = c(Author.Full.Names,Article.Title,Source.Title,Volume,Issue,Article.Number,DOI,Publication.Date,Publication.Year,Open.Access.Designations))
datasubset$Full.Date <- paste(datasubset$Publication.Date, datasubset$Publication.Year)
datasubset$Citation <- paste("Author(s): ",datasubset$Author.Full.Names,". Title:",datasubset$Article.Title,". Volume:",datasubset$Volume,". Issue:",datasubset$Issue,". Article Number:",datasubset$Article.Number,". DOI:",datasubset$DOI,". Published:",datasubset$Full.Date)
citationdata= subset(datasubset, select=c(Citation,Open.Access.Designations))

这就是我目前对 Shiny 应用程序的了解。我尝试从几个不同的教程(包括此处的其他问题)以多种方式放置清理代码部分，但我不太明白。

library(tidyverse)
library(shiny)

ui <- fluidPage(
  fluidPage(
    titlePanel("Uploading Files"),
    sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        fileInput('data', 'Choose CSV File',
                  accept=c('text/csv', 
                           'text/comma-separated-values,text/plain', 
                           '.csv')),
        tags$hr(),
        checkboxInput('header', 'Header', TRUE),
        radioButtons('sep', 'Separator',
                     c(Comma=',',
                       Semicolon=';',
                       Tab='\t'),
                     ','),
        radioButtons('quote', 'Quote',
                     c(None='',
                       'Double Quote'='"',
                       'Single Quote'="'"),
                     '"'),
        downloadButton('downloadData', 'Download')
      ),
      mainPanel(
        tableOutput('contents')
      )
    )
  )
)
server <- function(input, output) {
  
  getData <- reactive({
    
    inFile <- input$data
    
    if (is.null(input$data))
      return(NULL)
    
    read.csv(inFile$datapath, header=input$header, sep=input$sep, 
             quote=input$quote)
  
  })
  output$contents <- renderTable(
    
    getData()
    
  )
  
  
  output$downloadData <- downloadHandler(
    
    filename = function() { 
      paste("data-", Sys.Date(), ".csv", sep="")
    },
    
    content = function(file) {
      
      write.csv(getData(), file)
      
    })
  
}
shinyApp(ui, server)

如果有人能够指出如何将两者合并在一起，我将不胜感激。理想情况下，有人可以把他们从数据库下载的 csv 文件上传到应用程序，应用程序会清理它，然后他们可以下载清理后的版本，它只有两列——引用和开放访问状态。另外，这是我在这里的第一篇文章，所以如果我遗漏了任何相关内容，请告诉我!谢谢!

Answer 1

我认为您在这方面非常接近。我在评论中问了一个问题，但我猜你想在数据显示在表格上之前清理数据。基本上您需要做的就是将“清理代码”弹出到 reactive 中。我将 read.csv 放入一个名为“data”的新变量中以适合您的清理功能，然后放置最终输出“citationdata”。希望这就是您要找的:

library(tidyverse)
library(shiny)

ui <- fluidPage(
  fluidPage(
    titlePanel("Uploading Files"),
    sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        fileInput('data', 'Choose CSV File',
                  accept=c('text/csv', 
                           'text/comma-separated-values,text/plain', 
                           '.csv')),
        tags$hr(),
        checkboxInput('header', 'Header', TRUE),
        radioButtons('sep', 'Separator',
                     c(Comma=',',
                       Semicolon=';',
                       Tab='\t'),
                     ','),
        radioButtons('quote', 'Quote',
                     c(None='',
                       'Double Quote'='"',
                       'Single Quote'="'"),
                     '"'),
        downloadButton('downloadData', 'Download')
      ),
      mainPanel(
        tableOutput('contents')
      )
    )
  )
)
server <- function(input, output) {
  
  getData <- reactive({
    
    inFile <- input$data
    
    if (is.null(input$data))
      return(NULL)
    
    data<-read.csv(inFile$datapath, header=input$header, sep=input$sep, 
             quote=input$quote)

    # #data is the name of the csv after I load it
    datasubset= subset(data, select = c(Author.Full.Names,Article.Title,Source.Title,Volume,Issue,Article.Number,DOI,Publication.Date,Publication.Year,Open.Access.Designations))
    datasubset$Full.Date <- paste(datasubset$Publication.Date, datasubset$Publication.Year)
    datasubset$Citation <- paste("Author(s): ",datasubset$Author.Full.Names,". Title:",datasubset$Article.Title,". Volume:",datasubset$Volume,". Issue:",datasubset$Issue,". Article Number:",datasubset$Article.Number,". DOI:",datasubset$DOI,". Published:",datasubset$Full.Date)
    citationdata = subset(datasubset, select=c(Citation,Open.Access.Designations))
    citationdata
    
  })
  output$contents <- renderTable(
    
    getData()
    
  )
  
  
  output$downloadData <- downloadHandler(
    
    filename = function() { 
      paste("data-", Sys.Date(), ".csv", sep="")
    },
    
    content = function(file) {
      
      write.csv(getData(), file)
      
    })
  
}
shinyApp(ui, server)