logging - snakemake - 为每个规则动态设置日志

Question

我想为每个工作流规则动态设置日志文件(log 指令)，因此它包含规则名称。我尝试像使用 set_params() 一样使用 set_log() 函数，但遇到了一个神秘错误。这是我尝试过的:

logs_dir = config['logs_dir']

rule1:
    ...

rule2:
    ...

for r in workflow.rules:
    r.set_log(os.path.join(logs_dir, r.name + '.log'))

并获取:AssertionError in file ... in line ...
我可能误用了 set_log，但无法弄清楚。有什么想法吗？

更新
按照答案中的建议，我尝试了以下操作:

rule all:
    input:
        'b'

rule myrule:
    input:
        'a'
    output:
        'b'
    log:
        dummy = 'dummy.log'
    shell:
        """
        cp {input} {output}
        """

for r in workflow.rules:
    r.set_log(real=r.name + '.log')

不幸的是，使用 snakemake -s snakefile -j 1 运行它再次导致未指定的断言错误。

Answer 1

定义了set_log 函数here我认为它最终会遇到 this assertion抛出这个非常不提供信息的 AssertionError。修复它的方法是为每个规则添加一个内联日志定义:

logs_dir = config['logs_dir']

rule1:
    log: "rule1.log"
    ...

rule2:
    log: "rule2.log"
    ...

for r in workflow.rules:
    r.set_log(os.path.join(logs_dir, r.name + '.log'))

不幸的是，这违背了循环和设置日志的目的(如果我正确理解你想在这里做什么)。我最近遇到了一个非常相似的问题，即设置线程时没有在每个规则中定义 threads 值。从这个角度来看有点烦人，但我认为这种行为背后有充分的理由。

您仍然可以避免在每个规则中写入 log: 'rule_name.log' 的一种方法是使用 rule inheritance尽管我不完全确定传递名称和通配符是如何工作的。如果你得到这样的东西，请告诉我。