使用 igraph 读取具有孤立节点的邻接列表

Question

我想使用 igraph 来探索一些网络数据。我的数据具有以下结构:

a <- c(13, 32, NA, NA)
b <- c(32, NA, NA, NA)
c <- c(34, 13, 32, NA)
d <- c(5, NA, NA, NA)

net <- rbind(a, b, c, d)

第一列:焦点主题 ID从 2 到 4 列:来自焦点主题的接收器

在情节中，主题 5 应该被隔离。

library(reshape)
library(igraph)

net <- as.data.frame(net)
mdata <- melt(net, id=c("V1"))
g <- graph.data.frame(mdata[,c(1,3)])  

Warning message:
In graph.data.frame(mdata[, c(1, 3)]) :
In `d' `NA' elements were replaced with string "NA"  

plot(g)

正如预期的那样，NA 显示为一个节点。关于如何处理这个问题的任何想法？

Answer 1

我必须分别定义顶点和边:

v <- unique(net[, 1])
mdata <- melt(net, id=c("V1"))
e <- na.omit(mdata[,c(1,3)])

g <- graph.data.frame(e, vertices=v, directed=TRUE)
plot(g)