r - 在 R 中创建距离矩阵(不使用 dist())

Question

我需要从矩阵创建一个距离矩阵，它返回列之间的距离。

我知道它存在一个名为 dist() 的函数，但我不能使用它，因为我将使用不常见的距离函数。

本来想用apply，但是不知道怎么写。

我创建的循环是:

 dista <- function(A,distance){
  dist_matrix=matrix(0,dim(A)[2],dim(A)[2])
  for (i in 1:(dim(A)[2]-1)){
    for(j in (i+1):(dim(A)[2])){
      if(distance=='cosine') dist_matrix[j,i]<- (1-sum(A[,i]*A[,j]))/(sqrt(sum(A[,i]^2))+sqrt(sum(A[,j]^2)))
    }
  }
  dist_matrix
}

Answer 1

假设您有这样的数据框:

df <- data.frame(x = rnorm(10, 5, 1), y = rnorm(10))

您可以按如下方式使用申请:

apply(df, 1, dist)

要使用客户距离函数，您可以将上面对 dist 的调用替换为:

apply(df, 1, my_own_dist)

当然，这会遍历每一行数据，但仍然比基于矩阵的计算要慢。了解距离函数的实际作用可能会帮助人们以更有效的方式解决问题。

根据以下评论进行编辑....

如果您尝试计算原始矩阵 A 中每对列之间的成对距离，您可以尝试如下操作:

apply(combn(1:ncol(A), 2), 2, function(x) my_dist_function(A[, x]))

首先生成所有唯一的列对，一次一个地遍历它们