Snakemake:返回并清理 temp() 文件

Question

我知道之前有人问过这方面的变体(例如 https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew )，但我没有看到明确的解决方案。

如果我使用“--notemp”运行一个长时间运行且复杂的 Snakemake 管道(可能是因为我正在调试)，那么能够随后运行一个“清理”命令来删除任何可能会出现的东西会非常好在没有 --notemp 的情况下，在第一次运行时自动删除。有什么简单的方法可以做到这一点吗？

我现在这样做的方法是在使用“--forceall --touch”后重新运行，不使用“--notemp”，这样所有的东西都会被触及，然后临时文件被删除结束。但是更改所有时间戳并不理想。有没有更好的办法？

乔恩

Answer 1

从 v5.0.0 开始，--delete-temp-output 实现了这一点。

--delete-temp-output


Remove all temporary files generated by the workflow. Use together with –dry-run to list files without actually deleting anything. Note that this will not recurse into subworkflows.

Default: False