R 屏蔽冲突 : packages bnlearn and sna

Question

我在并行使用 R 包 bnlearn 和 sna 时遇到问题。以下示例很简单:

library(bnlearn)
data("asia")

# build network
a <- hc(asia)

# output
a

输出符合预期:

  Bayesian network learned via Score-based methods

  model:
   [A][S][T][L|S][B|S][E|T:L][X|E][D|B:E] 
  nodes:                                 8 
  arcs:                                  7 
    undirected arcs:                     0 
    directed arcs:                       7 
  average markov blanket size:           2.25 
  average neighbourhood size:            1.75 
  average branching factor:              0.88 

  learning algorithm:                    Hill-Climbing 
  score:                                 BIC (disc.) 
  penalization coefficient:              4.258597 
  tests used in the learning procedure:  77 
  optimized:                             TRUE 

一旦我加载了 sna 包，我收到了完全不同的东西:

library(sna)

#output
a

我得到:

Biased Net Model

Parameters:

Error in matrix(c(x$d, x$pi, x$sigma, x$rho), ncol = 1) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'

因为我实际上并没有调用任何函数(只是想获得 a 的输出)，所以我认为使用 :: 运算符没有帮助.

我想知道问题是不是屏蔽了一个我无法真正影响的内部函数。任何帮助都会很棒!

Answer 1

这个和其他的有点类似q & a's除了在这种情况下有一个隐式调用 print ，而不是显式函数调用。是这个print被屏蔽的功能。

打印a , 您可以输入 a在终端中，或显式输入 print(a) .获得 bn 的 pretty-print 布局对象，作者写了一个print方法，这是在键入 a 时调度的内容或 print(a) . (要在没有此特定打印的情况下查看它，您可以使用 print.default(a) )。在注意到 class(a) == "bn" 之后, 你可以寻找 print方法，通过使用 methods("print")或输入 bnlearn:::print然后 <tab>查看可用函数:这会导致一个(未导出的)函数 bnlearn:::print.bn .

长话短说，sna包装还有一个 print.bn方法，用于 class 的对象"bn" (偏置网络)，正是这个函数屏蔽了来自 bnlearn 的那个.

所以如果你加载sna在 bnlearn 之后，您仍然可以通过显式使用 bnlearn:::print.bn(a) 来获得 pretty-print 效果，或重新定义 print方法 print.bn <- bnlearn:::print.bn , 它应该按预期打印。