r - block 中生成的图不会出现在 rmarkdown::render_site() 中

Question

我正在用

创建一个网站

Rscript -e "rmarkdown::render_site()"

我正在生成文档的 html 和 pdf 版本。除非在 html 文档之前生成 pdf 文档，否则不会出现在 block 中生成的图。

文件如下:

index.Rmd

---
title: "My Website"
---

* [Test1 page](test1.html)

* [Test2 page](test2.html)

_site.yml

名称:“我的网站”

test1.Rmd(先生成html)

---
output:
  html_document: default
  pdf_document: default
---

```{r, message=FALSE, echo=FALSE}
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x=mpg, y=disp)) + geom_point()
```

test2.Rmd(先生成pdf)

---
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---

```{r, message=FALSE, echo=FALSE}
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x=mpg, y=disp)) + geom_point()
```

通过Rscript运行render_site()后，test1.html是空白---没有test1_files 子目录。但是，test2.html 显示了这个图(当然 test2_files 存在):

Rmarkdown 1.10 和 1.10.14(截至 10 月 31 日的开发版本)都会发生这种情况。

在一个更复杂的现实生活中的例子中，即使我切换文档顺序也不会出现情节，但我希望这个问题的答案能帮助解决更复杂的问题。

更新:除了@giocomai 的建议之外，解决方法是编译 test1.Rmd 两次:

Rscript -e "rmarkdown::render_site()"
Rscript -e "rmarkdown::render_site('test1.Rmd')"

即使您编译多个单个文件，这似乎也能正常工作。据推测，在单文件情况下，清理工作不那么激进。

Answer 1

我可以复制你的问题，我认为这与 rmarkdown::render() 在创建 pdf 输出后清理文件的事实有关，因为它认为这些文件是无用的，并且 render_site 仅在所有输出类型都已呈现后才将文件复制到 _site 文件夹。

在 rmarkdown::render() 中有一个设置 clean=FALSE 的选项，但它似乎不适用于 rmarkdown::render_site ()，因为参数不会传递给 render。

我认为将它作为一个问题提交给 Rmarkdown 是值得的，因为忽略这个论点应该不会太困难。

作为解决方法，您可以在相关 Rmd 文档的 block 中强制 cache = TRUE。因此，例如，您的 test1.Rmd 中的代码块如下所示:

```{r, message=FALSE, echo=FALSE, cache = TRUE}
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(x=mpg, y=disp)) + geom_point()
```

注意 block 选项中的 cache = TRUE。启用缓存后，文件夹将被保留并正确复制到 _site 文件夹。

您还可以为所有 block 设置 knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)。

这解决了您的问题，但可能应该有更优雅的解决方案。