yaml - 编织成 PDF 时如何让 amsmath 在 RMarkdown 中工作？

Question

在 RMarkdown 中，我有一个文档要编织成 pdf。该文档包含我需要自动编号的方程式。我一直使用 $$ 1+1=2\tag{1} $$ 约定来编写方程式，但现在想切换到 \begin{equation} 1+1= 2\eq:this_eq\end{equation} 约定，这样我就可以对方程进行自动编号和轻松交叉引用。我发现的一些在线资源使这看起来应该相当简单。例如here或 here .然而，我在尝试这样做时遇到了无尽的心碎。

我正在使用 3.4.3 版和 RStudio，即 tinytex 发行版，并安装了 bookdown(我仍然不确定是否真的有必要实现我的目标)。这是一个重复:

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
header-includes:
   - \usepackage{amsmath}
output:
  pdf_document:
    toc: yes
    toc_depth: '4'
    df_print: kable
    fig_caption: yes
    latex_engine: xelatex
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```
## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
S = X \bar{P}
(\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)

当我尝试“编织成 PDF”时遇到了错误

! Package mathspec Error: `amsmath' must be loaded earlier than `mathspec'.

它已被报告为错误并已“修复”here ，但我无法理解修复或遵循其说明。我所要求的是一组非常清晰的步骤，这些步骤将使我能够顺利运行上面的 repex。

我尝试过的一些事情:

当我将 pdf_document 替换为 bookdown::pdf_document2 时，会发生同样的错误。或者当我删除

header-includes:
   - \usepackage{amsmath}

而是放

includes:
  in_header: preamble.tex

在 latex_engine: xelatex 行之后，其中“preamble.tex”是一个记事本文件，其中包含 \usepackage{amsmath}

this other SO post中的评论似乎暗示在 YAML 选项中甚至没有必要说任何关于 amsmath 的内容，这让我更加困惑。当我从 YAML 选项中删除对 amsmath 的任何提及时，我收到错误消息，指出无法识别 mathjax 脚本，例如:

! Package amsmath Error: \bar allowed only in math mode.

Answer 1

当我尝试你的例子时，方程没有成功标记。

然后我将输出设置替换为 bookdown::pdf_book。它有效。

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
output:
  bookdown::pdf_book
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
  S = X \bar{P}
  (\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)