r - 使用 igraph 按属性契约(Contract) vertices

Question

我正在处理一个图表，其中每个节点都有一个属性“组”，包括以下各项:“婴儿产品”、“书籍”、“CE”、“DVD”、“音乐”、“软件”、“玩具”、“视频”“视频游戏”。

我想知道如何绘制表示这些社区的图:应该有 9 个顶点，每个顶点一个，每次连接两个类别的两个节点时都有一个链接(可能是加权的)。

我试过使用 igraph 合约函数，但结果是这样的:

> contract(fullnet, mapping=as.factor(products$group), vertex.attr.comb = products$group)
Error in FUN(X[[i]], ...) : 
  Unknown/unambigous attribute combination specification
Inoltre: Warning message:
In igraph.i.attribute.combination(vertex.attr.comb) :
  Some attributes are duplicated

我想我误解了这个函数的用途。

现在我正在考虑创建一个新的边缘列表，就像之前的一样，但不是每个顶点的 Id，而是组的名称。遗憾的是，我不知道如何在超过 1200000 个元素的边缘列表上快速执行此操作。

非常感谢您。

Answer 1

我认为使用 contract() 应该是正确的。在下面的示例代码中，我向 vertex.attr.comb 添加了一个匿名函数，以按 group 组合顶点。然后，simplify() 移除循环边并计算边权重之和。

# Create example graph
set.seed(1)
g <- random.graph.game(10, 0.2)
V(g)$group <- rep(letters[1:3], times = c(3, 3, 4))
E(g)$weight <- 1:length(E(g))
E(g)
# + 9/9 edges from 7017c6a:
#   [1] 2-- 3 3-- 4 4-- 7 5-- 7 5-- 8 7-- 8 3-- 9 2--10 9--10
E(g)$weight
# [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9

# Contract graph by `group` attribute of vertices
g1 <- contract(g, factor(V(g)$group),
               vertex.attr.comb = function(x) levels(factor(x)))
# Remove loop edges and compute the sum of edge weight by group
g1 <- simplify(g1, edge.attr.comb = "sum")
E(g1)
# + 3/3 edges from a852397:
#   [1] 1--2 1--3 2--3
E(g1)$weight
# [1]  2 15 12