r - 如何将大列表中的 Entrez id 转换为基因符号并替换 R 中列表中的 entrez id？

Question

我有一个包含 300 个名字的大列表 data。例如:

dput(data$name1)
c("55024", "29126", "3732", "1960", "79368", "115352", "10875", 
"2530", "348654", "3070", "29969", "9124", "10125", "143686", 
"6504", "25992", "26137")

dput(data$name2)
c("323", "836", "9976", "1407", "1840", "2289", "2317", "2739", 
"8337", "10964", "3572", "3693", "4023", "4058", "124540", "4638", 
"5214", "6238", "8115", "7049", "8459", "10791", "55884", "7494", 
"7535")

df <- as.data.frame(data$name1)
colnames(df)[1] <- "ENTREZ_IDs"

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
### Convert Entrez to Ensembl ids and Gene names
Ensembl_GeneNames <- bitr(df$ENTREZ_IDs, fromType = "ENTREZID",
                          toType = c("SYMBOL"),
                          OrgDb = org.Hs.eg.db)

这是我得到的输出:

现在，我想用上述输出中的 SYMBOL 替换大列表 data 中 name1 的 ENTREZID。

想对大列表 data 中的所有名称执行此操作

Answer 1

我们可以遍历 list 并应用 bitr

out <- lapply(data, \(x) bitr(x, fromType = "ENTREZID",
                          toType = c("SYMBOL"),
                          OrgDb = org.Hs.eg.db)[['SYMBOL']])