r - 在树文件类 Phylo 的列上使用函数

Question

我有一个包含许多提示和内部节点的系统发育树。我有一个树中的节点 ID 列表。这些是单独表格的一部分。我想在表中添加一个新列，children。为了获得后代(节点和提示)，我使用了 phangorn::Descendants(tree, NODEID, type = 'all')。我可以添加长度以获得后代的数量。例如，

phangorn::Descendants(tree, 12514, type = 'all')
[1] 12515 12517 12516  5345  5346  5347  5343  5344

length(phangorn::Descendants(tree, 12514, type = 'all'))
[1] 8

我想非常简单地获取我的数据框“节点”中的列，并使用 length(phangorn::Descendants(tree, 12514, type = 'all')) 上面的函数来根据输入节点在数据框中创建一个新列。

这是一个例子:

tests <- data.frame(nodes=c(12551, 12514, 12519))
length(phangorn::Descendants(tree, 12519, type = 'all'))
[1] 2
length(phangorn::Descendants(tree, 12514, type = 'all'))
[1] 8
length(phangorn::Descendants(tree, 12551, type = 'all'))
[1] 2
tests$children <- length(phangorn::Descendants(tree, tests$nodes, type = 'all'))
tests
  nodes children
1 12551        3
2 12514        3
3 12519        3

如上所示，children的数量是data.frame的长度，并不是上面计算的实际children的数量。应该是:

tests
  nodes children
1 12551        2
2 12514        8
3 12519        2

如果您对我如何使此行为符合预期有任何提示或想法，那就太好了。我有一种感觉，我必须使用 apply() 或者我需要在使用 length() 函数之前在内部建立索引。提前谢谢你。

Answer 1

你非常接近!这是一个使用 sapply 的快速解决方案!还有更多选择，但这个似乎符合您问题的结构!

生成一些数据

library(ape)

ntips <- 10
tree <- rtree(ntips)
targetNodes <- data.frame(nodes=seq(ntips+1, ntips+tree$Nnode))

请注意，我将所有相关节点存储在 targetNodes 对象中。这相当于您问题中的以下对象:

tests <- data.frame(nodes=c(12551, 12514, 12519))

使用应用

现在，让我们使用 sapply 在 targetNodes 中的所有相关节点上重复相同的操作:

targetNodes$children<- sapply(targetNodes$nodes, function(x){
  length(phangorn::Descendants(tree, x, type = 'all'))
})

我通过在 targetNodes 中创建一个新列来保存我们的 sapply 函数的输出。

祝你好运!