r david webservice 突然传输错误 : 301 Error: Moved Permanently

Question

过去几天我一直在使用 RDAVIDWebService，今天早上突然出现以下错误。我在 Windows 7 计算机上使用 R 3.1.1，尽管我可以切换到另一台计算机并得到相同的错误。谁能告诉我这个错误是什么意思，为什么今天出现而不是昨天出现？尼克

david<-DAVIDWebService$new(email="user@inst")
Error in .jcall(stub, "S", "authenticate", email) : org.apache.axis2.AxisFault: Transport error: 301 Error: Moved Permanently

Answer 1

Cristóbal Fresno 发出了以下变通办法:

解决新的 DAVID Web 服务配置问题

1) 首先，HTTPS 证书需要 Java 8 才能运行。由于主要大小，以前的版本将无法运行。 Java 接受的最大大小是 1024 位。这是一个已知问题(请参阅 JDK-6521495)。

1.1) 检查你的java版本

java -version

java version "1.8.0_60"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_60-b27)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.60-b23, mixed mode)

如果版本为 1.7.XX 或更早版本，则需要安装 Java 8。如果不是，请转到步骤 2。

1.2) 在windows中，从oracle站点下载并安装jre或jdk 8

1.2) 在 linux 中遵循 http://www.webupd8.org/2014/03/how-to-install-oracle-java-8-in-debian.html简而言之，您需要添加 webupd8team 存储库并安装软件包:

su -echo "deb http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" | tee /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list
echo "deb-src http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu trusty main" | tee -a /etc/apt/sources.list.d/webupd8team-java.list
apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys EEA14886
apt-get update
apt-get install oracle-java8-installer
exit

2) DAVID 使用的实际证书不是由 Java brunch 中公认的权威机构签署的。然后，它必须合并到“cacerts”文件中才能正确使用它。2.1) 在 Windows 中:下载 cygwin 并按照 linux 说明进行操作。通常对于JRE应该安装在C:\Program Files\Java\jre1.8.0_51\lib\security或者C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_51\jre\lib\security 用于 JDK。如有必要，请重新启动计算机。

2.2) 在 Linux 中:获取证书:

echo -n | openssl s_client -connect david.ncifcrf.gov:443 | sed -ne '/-BEGIN CERTIFICATE-/,/-END CERTIFICATE-/p' > ncifcrf.cert

检查是否正确下载:

openssl x509 -in ncifcrf.cert -text

备份 cacerts 文件。在我的例子中，它位于 /etc/ssl/certs/java 目录

sudo cp /etc/ssl/certs/java/cacerts cacerts.org
sudo keytool -import -trustcacerts -keystore cacerts -storepass changeit -noprompt -alias david -file ncifcrf.cert

证书应该添加到 keystore 中。现在，将新的cacerts版本复制到原来的位置

sudo cp cacerts /etc/ssl/certs/java/

3) 在R中更新Java配置

R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_60
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

4) 最后，在 RDAVIDWebService 中使用新的 DAVID web 服务 URL

library("RDAVIDWebService")

david<-DAVIDWebService(email="user@email", url="https://david.ncifcrf.gov/webservice/services/DAVIDWebService.DAVIDWebServiceHttpSoap12Endpoint/")
david

#DAVIDWebService object to access DAVID's website. 
#User email:  user@email 
#Available Gene List/s: not submitted yet.