r - 从巨大的光栅文件中删除 NA 值

Question

我目前正在尝试从一个巨大的栅格文件(1.9*10^7 观测值)中删除 NA 值。在这些栅格中，99.9% 是 NA 值。我的目标是删除 NA 并创建一个包含所有非 NA 值的 .csv 文件。我的尝试如下:

# Load packages
packs = c('raster', 'rgdal')
sapply(packs, FUN = 'require', character.only = TRUE)
xy <- xyFromCell(raster, 1:ncell(raster))
v <- as.data.frame(raster)
xyv <- data.frame(xy, v)
rm(xy,v)
xyv <- na.omit(xyv)
write.csv(xyv, file ="raster.csv", row.names = F)

当我执行 na.omit() 时，R/Rstudio 会给出一条错误消息，指出它遇到了 fatal error 并终止。是否有更简单、更快速的解决方案来执行此操作？

Answer 1

您可以为此使用 rasterToPoints 函数。

library(raster)
r <- raster()
r[50:52] <- 1:3
xyv <- rasterToPoints(r)

write.csv(xyv, file ="raster.csv", row.names = FALSE)