r - 如何打破ggplot2中连续变量的背景颜色？

Question

我想用一个变量(RPKM)使背景着色，因为大多数值在1到40之间，最大值是800，最终图片几乎是蓝色的，无法区分近似值如2 和 3。在 pheatmap 中，我可以通过使用为 1 到 40 分配更多颜色的中断来解决这个问题，并使用相同的颜色使值大于 100。我曾尝试用 scale_fill_gradientn、scale_color_brewer 做同样的事情，但没有成功，有人可以帮助我吗？

\1.我的数据是这样的:

head(data3, n=14)
Gene_H Index     RPKM  Usage Species Dif_index
1  BORCS5     1       NA 0.9300       H         1
2  BORCS5     1 4.663070 0.4200       R         1
3  BORCS5     2       NA 1.0000       H        NA
4  BORCS5     2 4.663070 1.0000       R        NA
5  BORCS5     3       NA 1.0000       H        NA
6  BORCS5     3 4.663070 0.8700       R        NA
7  BORCS5     4       NA 1.0000       H        NA
8  BORCS5     4 4.663070 1.0000       R        NA
9  ALKBH3     1 0.000000 1.0000       H         1
10 ALKBH3     1 5.330331 0.1400       R         1
11 ALKBH3     2 0.000000 1.0000       H        NA
12 ALKBH3     2 5.330331 1.0000       R        NA
13 ALKBH3     3 0.000000 1.0000       H        NA
14 ALKBH3     3 5.330331 1.0000       R        NA

\2。我的代码是:

ggplot(data3)+geom_point(aes(x=Index, y=Usage))+ylim(0,1)+
  geom_point(aes(x=Dif_index, y=Usage), color="red")+facet_wrap(Gene_H~Species, ncol=2)+
  theme(strip.text.x = element_blank(), axis.text.y=element_blank(), panel.grid.major=element_blank(),
        panel.grid.minor=element_blank(), panel.margin=unit(0.1, "lines"))+
  geom_rect(aes(fill=RPKM), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf)

\3.然后我得到:

\4.我曾尝试使用 cut 和 scale_fill_brewer，但它输出了我未能解决的错误

geom_rect(aes(fill=cut(RPKM, c(seq(0,40,by=0.5),seq(41,800,by=20)))), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf)+
  scale_fill_brewer(type="seq", palette="YlGn")

Warning messages:
1: In RColorBrewer::brewer.pal(n, pal) :
  n too large, allowed maximum for palette YlGn is 9
Returning the palette you asked for with that many colors

2: Removed 5 rows containing missing values (geom_point). 
3: Removed 122 rows containing missing values (geom_point). 
4: In RColorBrewer::brewer.pal(n, pal) :
  n too large, allowed maximum for palette YlGn is 9
Returning the palette you asked for with that many colors

\5.使用 scale_color_discrete，它会将颜色分为不同的种类，如下所示，但我希望颜色改变渐变。

geom_rect(aes(fill=cut(RPKM, c(seq(0,40,by=0.5),seq(41,800,by=20)))), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf)+
  scale_color_discrete()

Answer 1

scale_fill_brewer 用于离散比例，对于基于相同调色板的连续比例，您可以使用 scale_fill_distiller。这是一个示例(使用 color 而不是 fill - 切换回 fill 用于您的用例)与您的 0 到 50 比例相同数据。

x = seq(0, 50, by = 2)
dd = data.frame(x = x, y = x)

gridExtra::grid.arrange(g + scale_color_distiller(palette = "RdYlGn"),
             g + scale_color_distiller(palette = "PiYG"),
             g + scale_color_distiller(palette = "YlGn"))

您可以使用 RColorBrewer::display.brewer.all() 查看所有 RColorBrewer 调色板选项。

由于您的数据似乎集中在 0 附近，另一种选择是对比例进行对数或平方根变换。平方根会更自然，因为您的数据包含 0，但这将有助于分散较低的颜色并压缩较高的颜色。只需将 trans = "sqrt" 添加到任何 scale_fill 函数。对于更极端的转换(可能需要，因为你的数据上升到 800)你可以 log(RMKP + 1)，它是用 trans = "log1p" 实现的。

这是与上面相同的图，但在比例尺中添加了 trans = "sqrt":