- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
d = data.frame(
offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3" ),
parent1 = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
parent2 = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
)
print(d)
offspring parent1 parent2
1 G2I1 G1I1 G1I3 # generation 2
2 G2I2 G1I2 G1I2 # generation 2
3 G2I3 G1I1 G1I2 # generation 2
4 G3I1 G2I1 G2I2 # generation 3
5 G3I2 G2I3 G2I2 # generation 3
6 G3I3 G2I1 G2I2 # generation 3
7 G3I4 G2I3 G2I3 # generation 3
8 G4I1 G3I2 G3I4 # generation 4
9 G4I2 G3I2 G3I1 # generation 4
10 G4I3 G3I1 G3I2 # generation 4
11 G4I4 G3I4 G3I4 # generation 4
12 G5I1 G4I3 G4I1 # generation 5
13 G5I2 G4I3 G4I1 # generation 5
14 G5I3 G4I1 G4I2 # generation 5
数据表示
这个数据代表一个家谱。每行表示一个后代及其两个 parent 。我称它们为 parent1
和 parent2
因为它们是雌雄同体。而且,他们可以克隆自己!世代不重叠,这意味着 n
代后代的所有 parent 都出生在 n-1
代。
让我们考虑一个例子。个体G3I4
出生于第3代(G3
),是本代个体索引4(I4
;索引只是一个ID) .此个体是个体 G4I1
和个体 G4I4
的父代。事实上,G3I4
是 G4I4
的唯一 parent ,因为她克隆了自己。
问题
如何在 R
中绘制此谱系图?
相关帖子
帖子How to plot family tree in R非常相关,但我未能将其应用于我的数据。第一题用的是igraph
,我不是很熟悉。但是我没有得到任何好看的东西
d = tibble(
offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3" ),
parent1 = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
parent2 = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
)
d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
plot(g,layout=co)
但是图中缺少一些不留下任何后代的个体。
第二个答案使用 kinship2
。据我了解,kinship2
不能处理无性繁殖。
最佳答案
我唯一看错的是 G1 中的重叠节点。有了更多信息,我很乐意根据需要调整输出。
library(igraph)
d = data.frame(
offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3" ),
parent1 = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
parent2 = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" ),
stringsAsFactors = F
)
d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
#co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
co1 <- layout_as_tree(g, root = which(grepl("G1", V(g)$name)))
#plot(g,layout=co, edge.arrow.size=0.5)
plot(g,layout=co1, edge.arrow.size=0.25)
关于r - 在 R 中绘制家谱,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48981822/
我需要将文本放在 中在一个 Div 中,在另一个 Div 中,在另一个 Div 中。所以这是它的样子: #document Change PIN
奇怪的事情发生了。 我有一个基本的 html 代码。 html,头部, body 。(因为我收到了一些反对票,这里是完整的代码) 这是我的CSS: html { backgroun
我正在尝试将 Assets 中的一组图像加载到 UICollectionview 中存在的 ImageView 中,但每当我运行应用程序时它都会显示错误。而且也没有显示图像。 我在ViewDidLoa
我需要根据带参数的 perl 脚本的输出更改一些环境变量。在 tcsh 中,我可以使用别名命令来评估 perl 脚本的输出。 tcsh: alias setsdk 'eval `/localhome/
我使用 Windows 身份验证创建了一个新的 Blazor(服务器端)应用程序,并使用 IIS Express 运行它。它将显示一条消息“Hello Domain\User!”来自右上方的以下 Ra
这是我的方法 void login(Event event);我想知道 Kotlin 中应该如何 最佳答案 在 Kotlin 中通配符运算符是 * 。它指示编译器它是未知的,但一旦知道,就不会有其他类
看下面的代码 for story in book if story.title.length < 140 - var story
我正在尝试用 C 语言学习字符串处理。我写了一个程序,它存储了一些音乐轨道,并帮助用户检查他/她想到的歌曲是否存在于存储的轨道中。这是通过要求用户输入一串字符来完成的。然后程序使用 strstr()
我正在学习 sscanf 并遇到如下格式字符串: sscanf("%[^:]:%[^*=]%*[*=]%n",a,b,&c); 我理解 %[^:] 部分意味着扫描直到遇到 ':' 并将其分配给 a。:
def char_check(x,y): if (str(x) in y or x.find(y) > -1) or (str(y) in x or y.find(x) > -1):
我有一种情况,我想将文本文件中的现有行包含到一个新 block 中。 line 1 line 2 line in block line 3 line 4 应该变成 line 1 line 2 line
我有一个新项目,我正在尝试设置 Django 调试工具栏。首先,我尝试了快速设置,它只涉及将 'debug_toolbar' 添加到我的已安装应用程序列表中。有了这个,当我转到我的根 URL 时,调试
在 Matlab 中,如果我有一个函数 f,例如签名是 f(a,b,c),我可以创建一个只有一个变量 b 的函数,它将使用固定的 a=a1 和 c=c1 调用 f: g = @(b) f(a1, b,
我不明白为什么 ForEach 中的元素之间有多余的垂直间距在 VStack 里面在 ScrollView 里面使用 GeometryReader 时渲染自定义水平分隔线。 Scrol
我想知道,是否有关于何时使用 session 和 cookie 的指南或最佳实践? 什么应该和什么不应该存储在其中?谢谢! 最佳答案 这些文档很好地了解了 session cookie 的安全问题以及
我在 scipy/numpy 中有一个 Nx3 矩阵,我想用它制作一个 3 维条形图,其中 X 轴和 Y 轴由矩阵的第一列和第二列的值、高度确定每个条形的 是矩阵中的第三列,条形的数量由 N 确定。
假设我用两种不同的方式初始化信号量 sem_init(&randomsem,0,1) sem_init(&randomsem,0,0) 现在, sem_wait(&randomsem) 在这两种情况下
我怀疑该值如何存储在“WORD”中,因为 PStr 包含实际输出。? 既然Pstr中存储的是小写到大写的字母,那么在printf中如何将其给出为“WORD”。有人可以吗?解释一下? #include
我有一个 3x3 数组: var my_array = [[0,1,2], [3,4,5], [6,7,8]]; 并想获得它的第一个 2
我意识到您可以使用如下方式轻松检查焦点: var hasFocus = true; $(window).blur(function(){ hasFocus = false; }); $(win
我是一名优秀的程序员,十分优秀!