R - stat_compare_means 从 Kruskal-Wallis 测试返回不同的值

Question

我想使用 ggpubr 包中的 R 函数 stat_compare_means 将 Kruskal-Wallis 检验的 p 值绘制到我的 ggplot 中。

但是，绘制的值与我简单运行该函数时的值不同:

kruskal.test(value ~ type, data = Profile_melt)

我绘制 p 值的代码是:

ggplot(Profile_melt, aes(type, value)) + 
  geom_boxplot(aes(fill = factor(type), alpha = 0.5), 
               outlier.shape = NA, show.legend = FALSE) +
  geom_jitter(width = 0.2, size = 2, show.legend = FALSE,
              aes(colour = factor(type)), alpha = 0.5) +
  theme_bw() +
  facet_grid(Case ~ Marker, scales = 'free') +
  stat_compare_means(comparison = list(c("Real", "Binomial")),method = 'kruskal.test')+
  background_grid(major = 'y', minor = "none") + # add thin horizontal lines 
  xlab('Category') +
  ylab('Cell counts (Frequencies)')+
  theme(axis.text = element_text(size = 15), 
        axis.title = element_text(size = 20), 
        legend.text = element_text(size = 38),
        legend.title = element_text(size = 30), 
        strip.background = element_rect(colour="black", fill="white"),
        strip.text = element_text(margin = margin(10, 10, 10, 10), size = 25)) +
  panel_border()

这是我的数据 sample data

Answer 1

有许多代码行可能与问题无关。或许，您的问题可能是:

为什么

kruskal.test(value ~ type, data = Profile_melt)

#Kruskal-Wallis chi-squared = 4.9673, df = 1, p-value = 0.02583

产生不同的p值

ggboxplot(Profile_melt, x="type", y = "value") + 
  stat_compare_means(comparison = list(c("Real", "Binomial")), method = 'kruskal.test')

# p-value = 0.49

您可以通过查看原始代码来找出原因。 ggpubr 的开发人员可能会更好地解释这一点，如果出现问题，可能会在那里修复它。要获得正确且一致的 p 值，请删除 comparison = list(c("Real", "Binomial")):

ggboxplot(Profile_melt, x="type", y = "value") + 
  stat_compare_means(method = 'kruskal.test')

或

编辑

ggboxplot(Profile_melt, x="type", y = "value") + 
  stat_compare_means(comparison = list(c("Real", "Binomial")))

使用您的其他代码，图形如下所示: