python - 如何在 snakemake 中引用规则的输出

Question

我想知道是否可以将一个规则的输出直接用作下一个规则的输入，而不必再次指定路径。

我想也许这样的事情会奏效，但在我的测试中没有:

rule A:
    input:
         in_file = "path/to/in_file"

    output:
          out_file = "path/to/out_file"
    shell:
       "...."

rule B:
    input:
         in_file = A.output.out_file # reference the output of rule A doesnt work like this
         # in_file = "path/to/out_file" -> this works but is less elegant i think

    output:
          out_file = "path/to/out_file"
    shell:
       "...."

感谢任何帮助或见解!

干杯!

Answer 1

也许这就是您正在寻找的语法:

rule B:
    input:
         in_file = rules.A.output.out_file,
    ...

虽然我更喜欢硬编码文件名，因为它使脚本更具可读性。