bash - 如果命令失败，回显后退出_总是_退出

Question

我有一个 bash 脚本设置，我在其中 eval 一个名为 snake 的变量，如果出现错误则退出。即使执行 snake 命令没有错误，下面的 aws s3 命令也不会执行。

如果我删除了|| echo "发生错误，看上面。正在退出";退出 1，然后将执行 aws 命令。

我知道 eval $snake 没有错误，因为 echo "ERROR OCCURED, LOOK ABOVE. EXITING" 没有返回到标准输出(它只是实际上有错误的时候)。

我需要在成功运行 eval $snake 后执行 aws 命令，但我不确定如何执行此操作。

s3='ebio/'

# do not edit contents below unless needed

snake="snakemake --default-remote-provider S3 --default-remote-prefix '$s3' --use-conda --cores 32 --rerun-incomplete --printshellcmds"

read -p "Rewrite over samples.tsv, peak_norm.tsv, and treated_vs_untreated.tsv files? (y/n)" -n 1 -r

if [[ $REPLY =~ ^[Yy]$ ]]
then        

# exit if snake fails

eval $snake || echo "ERROR OCCURED, LOOK ABOVE. EXITING" ; exit 1
    
# remove temp files
        
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*tmp"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*sam.parsed"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*sam.parsed.done"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*.sam.tmp.combined_w_uniquemap.rmDup.sam"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*.sam.tmp.combined_w_uniquemap.prermDup.sam"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*.adapterTrim.round2.rmRep.bam.tmp"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"rep_element_pipeline --exclude "*" --include "*.fastq.gz.mapped_vs_bt2_hg38.sam"
aws s3 rm --recursive s3://"$s3"data_analysis --exclude "*" --include "*.saturations_reads.txt"

fi

Answer 1

这里的直接问题是 foo ||酒吧; baz，无论 foo 的退出状态是什么，baz 都会发生。在这方面，作为命令分隔符的分号的处理方式与换行符相同。这可以通过显式分组来解决，例如 foo || { 酒吧;巴兹； }——或者更明确地说，if foo;然后吧；巴兹； fi

相关代码最好写成:

# multi-line form optional, but lets you add comments after each line
snake=(
  snakemake
  --default-remote-provider S3
  --default-remote-prefix '$s3'  # FIXME: Sure you don't want "$s3" instead?
  --use-conda
  --cores 32
  --rerun-incomplete
  --printshellcmds
)
"${snake[@]}" || { echo "ERROR OCCURRED, LOOK ABOVE, EXITING" >&2; exit 1; }

将命令存储在数组或函数中而不是字符串中可以避免 eval 及其带来的安全问题； BashFAQ #50 中教授了这两种技术，eval 的问题在 BashFAQ #48 中有详细介绍。 .

使用花括号将 exit 1 放在与 echo 相同的组中，确保它们一起发生或根本不发生。

请注意，仅当您希望将确切的字符串 $s3 作为默认远程前缀传递时，'$s3' 才是正确的；如果您希望 名为 s3 的变量的内容 用于此目的，请将其更改为 "$s3"。