r - igraph 聚类函数的输出

Question

我使用 igraph graph_from_data_frame 函数从数据框构建了一个图。我的前两列代表边缘列表，我还有另一列名为“权重”。还有其他几个属性列。

然后我尝试使用 cluster_fast_greedy 在我的图中找到一个社区结构。

data <- data %>%  rename(weight = TH_LIEN_2)
graph <- graph_from_data_frame(data,directed=FALSE)
is_weighted(graph)


cluster_1 <- cluster_fast_greedy(graph, weights = NULL)

输出是一个包含三个(合并、模块化、成员资格)的列表，每个都包含我的一些顶点。但是，以下返回“NULL”:

cluster_1[["merges"]]
cluster_1[["modularity"]]
cluster_1[["membership"]]

(我相信 cluster_1[["membership"]] 应该是一个整数列表，表示顶点所属的簇？)

我尝试了不同的聚类方法(cluster_fast_greedy、cluster_label_prop、cluster_leading_eigen、cluster_spingglass、cluster_walktrap)以及加权和非加权图，每次输出看起来都一样。 (列表中的元素数量从 1 到 4 不等)

有没有人知道它为什么这样做？

谢谢你，祝你有美好的一天!

Cassandra

Answer 1

您应该使用美元符号$ 来访问集群对象。例如

g <- make_full_graph(5) %du% make_full_graph(5) %du% make_full_graph(5)
g <- add_edges(g, c(1, 6, 1, 11, 6, 11))
fc <- cluster_fast_greedy(g)

你会看到

> str(fc)
Class 'communities'  hidden list of 5
 $ merges    : num [1:14, 1:2] 3 4 5 1 12 13 15 11 7 8 ...
 $ modularity: num [1:15] -6.89e-02 -4.59e-02 6.94e-18 6.89e-02 1.46e-01 ...
 $ membership: num [1:15] 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 ...
 $ algorithm : chr "fast greedy"
 $ vcount    : int 15

> fc$merges
      [,1] [,2]
 [1,]    3    2
 [2,]    4   16
 [3,]    5   17
 [4,]    1   18
 [5,]   12   14
 [6,]   13   20
 [7,]   15   21
 [8,]   11   22
 [9,]    7    9
[10,]    8   24
[11,]   10   25
[12,]    6   26
[13,]   27   19
[14,]   23   28

> fc$modularity
 [1] -6.887052e-02 -4.591368e-02  6.938894e-18  6.887052e-02  1.460055e-01
 [6]  1.689624e-01  2.148760e-01  2.837466e-01  3.608815e-01  3.838384e-01
[11]  4.297521e-01  4.986226e-01  5.757576e-01  3.838384e-01 -1.110223e-16

> fc$membership
 [1] 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2

> fc$algorithm
[1] "fast greedy"

> fc$vcount
[1] 15